グリオキシソーム(Glyoxysome)は、植物、特に発芽種子の脂肪貯蔵組織で見られる特殊なペルオキシソームである。また、糸状菌でも見られる。他の全てのペルオキシソームと同様に、グリオキシソーム中では、 脂肪酸がペルオキシソーム系のβ-酸化酵素によって、アセチルCoA加水分解される。ペルオキシソームの機能の他に、グリオキシソームは、グリオキシル酸回路のバイパスとしての役割を果たす。

グリオキシソームは、脂肪酸の分解を開始する酵素の他に、糖新生の過程での合成に必要な中間体の生成に必要な酵素も含む。発芽の際には、光合成により生産されるようになるまで、これらの脂肪から合成された糖を用いる。

グリオキシソームは、根粒における光呼吸窒素代謝にも関わっている。

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