石神遺跡(いしがみいせき)は、奈良県明日香村にある日本古代の遺跡。
飛鳥寺の北西一帯、水落遺跡に隣接しており、斉明天皇や天武天皇など複数の時代の遺構がある。斉明天皇の頃は東西の区画になっており、西側は日常生活の場、東側は掘立柱建物と共に井戸や石溝が配置されており迎賓館や饗宴施設と推定されている。