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* [[1995年]] 大学院国際協力研究科(博士課程)を設置。
* [[1997年]] 大学院総合人間科学研究科(修士課程)を設置。
* [[1999年]] [[経営学部]]・[[大学院重点化]]、大学院総合人間科学研究科(博士課程)を設置。
* [[2000年]] [[経済学部]]・[[法学部]]の重点化により旧商大関連部署の[[大学院重点化]]完了
* [[2003年]] [[神戸商船大学]]と合併し、同大学を母体に[[海事科学部]]を設置。
* [[2004年]] 国立大学法人法の規定により[[国立大学法人]]となった。[[法科大学院]](大学院法学研究科・実務法律専攻)を設置