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また、このような情報は進化の結果の上での現生物間の関係を示すが、その過程や途中経過に関する情報を与えるものではない。
 
原生生物等の構造の単純な生物ではそれまでは根本的な特徴と考えられていた構造上の特徴でさえ、結構変化する形質であって、系統判断の当てにならない場合がままあるらしいことがわかってきており、分子系統学的情報がより重視される傾向がある。[[ケルコゾア]]のように、それ以外には共通の特徴を見いだせていない群すらある。それ以上高等な生物の場合、系統を示すような形質が必ず存在するという見方が一定の範囲で存在する。そのため、このような研究の結果、従来の体系大きく変更することが求められるような結果が出た場合、それを材料に他の形質を見直すことが行われる。たとえば[[環形動物]]と[[節足動物]]は[[体節制]]という基本的な体制にかかわる共通の特徴を持つため、近縁なものと見なされてきた。しかし、分子系統学的情報によると、それほど近縁なものではない。く、むしろ節足動物は線虫などにに近縁であり、ることが判明した。それらに共通する特徴として[[脱皮]]することが挙げられるようになり、そのために[[脱皮動物]]という群が提唱されている。
 
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