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また、[[足利将軍家]]が発給した[[五山]][[十刹]]などの[[住持]]を任命する辞令を「'''公文'''」もしくは「'''公帖'''(こうじょう)」と呼んだ。五山制度は[[鎌倉幕府]]にも存在しており公文(公帖)が出されていたが、同制度が整備されたのは、室町幕府初代[[征夷大将軍|将軍]][[足利尊氏]]が[[禅宗]]保護に積極的であったことに由来する。従って公文(公帖)は将軍直々の命令書である[[御教書]]もしくは[[御内書]]形式(手続としては、僧侶代表([[鹿苑僧録]]・[[蔭涼職]])から出された名簿を参考に将軍が選任し、将軍の指示に従って[[公文奉行]]が本文を執筆し、将軍が内容を確認の上で署名捺印して僧侶代表に発給してそれを被任命者に授与した)で発給されるのが一般的であり、その発給のために献上された[[礼銭]]が[[室町幕府]]の重要な財政収入になったのみでなく、[[織田信長]]によって[[京都]]を追放された[[足利義昭]]の追放中の活動資金にもなったと言われている(「五山十刹」の住持の任免権は室町幕府ではなく、足利将軍個人にあると考えられていたため)。なお、[[鎌倉五山]]などの関東の寺院に関する公文(公帖)は[[鎌倉府]]に発給権があり、地方の寺院については現地の[[守護]]が将軍の代理として発給した例も存在している。
 
その後、足利義昭の出家による引退後は代わって[[豊臣政権]]や[[江戸幕府]]が公文(公帖)が発給している。江戸幕府は[[五山十刹諸山之諸法度]]を出して蔭涼職を廃して鹿苑僧録に替わって[[金地院僧録]]を設置し、「秉払なしに公帖を発行してはならない」などの厳しい資格制限を付け。ただし、[[東福寺]]は[[九条家]]・[[一条家]]のいずれかが、[[天竜寺]]・[[大徳寺]]・[[南禅寺]]などは[[院宣]]や[[綸旨]]によって出される事もあった。
 
== 荘園における公文 ==