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国土地理院が設置・管理する水準点は通常、[[国道]]、測量当時の旧国道や主要街道沿いに約2km間隔に埋設されており、基準となる柱石または金属標が設置されている。その数は1等、2等水準点あわせて約2万点に及ぶ。これらを辿る形で水準測量が行われ、この路線網を水準網と呼ぶ。ただ、交通量の激しい[[道路]]の脇に設置されている例が多く、柱石が工事や事故により破損することも多い。そのため、都会の道路脇に設置された水準点は、半地下式の金属標式のものに改造される例が増えている。
 
一等水準点の中でも、特に重要な水準点を「基準水準点」といい、全国に82ヶ所設置されたが、そのうちの2箇所は[[樺太]]に設置されたものであり、現在は樺太の[[領有権]]を放棄しているため、2007年3月現在の日本の基準水準点の数は<!--80 外部リンク先をみる限りことなるので-->86ヶ所である。1等水準点網から少し離れた地盤が強固な[[山]]や[[丘陵]]地に設置されることが多く、設置場所も道路から少し離れた林や公園の中などに設置され、道路の拡張工事などで移転が必要になる事態を防いでいる。柱石だけでなく、すぐ横の地中にも[[石]]と[[クロム]]金属製の標識があり、3つの標識を設置することにより、万一の破損に備えている。さらに柱石と地中標の蓋は柵によって囲まれている。基準水準点は水準点網の再測量の基準点となっている。
 
また水準点の基準となる[[日本水準原点]]が、[[東京都]][[千代田区]][[永田町]]の[[国会前庭]]洋式[[庭園]]内にあり、その標高値は「[[東京湾]][[海面#.E5.B9.B3.E5.9D.87.E6.B5.B7.E6.B0.B4.E9.9D.A2|平均海面]]上24.4140[[メートル|m]]」と[[測量法]]および測量法施行令で定められている。