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[[三木氏]]、[[姉小路氏]]ら旧[[飛騨国]][[国司]]らの攻略に活躍した[[金森長近]]が、[[天正]]14年([[1586年]])に国主として入府する。[[天正]]16年([[1588年]])より[[高山城 (飛騨国)|高山城]]の築城を行い、[[慶長]]5年([[1600年]])までには本丸、二の丸を完成させていた。[[関ヶ原の合戦]]にて徳川方についた金森長近の功により、[[美濃国]]上有知(こうづち [[岐阜県]][[美濃市]])1万8000石、[[河内国]]金田([[大阪府]][[守口市]])3000石を加増され、ここに飛騨高山藩の初代[[藩主]]となる。
 
慶長12年([[1607年]])に長近が死去すると、家督と飛騨高山藩領は養子の[[金森可重]]が継ぎ、[[美濃国|美濃]][[上有知藩]]は晩年に生まれた実子の[[金森長光]]が継いだ。高山藩政は第3代藩主・金森重頼の時代に検地が行なわれるなどして確立した。このように金森家の統治は6代107年間続いた。
 
[[元禄]]5年([[1692年]])7月28日に第6代藩主・[[金森頼時]]の代に突然[[出羽国]][[上山藩]]([[山形県]][[上山市]])に移封となる。これは飛騨高山の豊富な資源(金・銀・銅、木材等)に幕府が目をつけたとの説と、当時幕府の[[側用人]]に外様大名ながら抜擢されていた頼時に不手際があったとの説等があるが、この後、飛騨高山は[[天領]]となって明治時代に至ることもあり、前者の信憑性が高い。
 
天領地となった飛騨高山には[[代官]]として[[関東郡代]]の[[伊奈忠篤]]が兼任で入り、[[加賀国|加賀]][[金沢藩]]主の[[前田綱紀]]が高山城在番となった。高山城の維持が難しくなった幕府は[[元禄]]8年([[1695年]])に取り壊しを決め、それ以後飛騨高山代官・郡代は金森家の下屋敷であった[[高山陣屋]]にて政務を行った。
 
[[正徳 (日本)|正徳]]5年([[1715年]])、[[森山実道]]が専任代官に任じられて以後は、[[幕末]]の[[新見正功]]に至るまで25人の代官が飛騨を支配した。なおこの高山陣屋は江戸時代の陣屋の中で唯一現存しており、保存・修復工事を行って国の史跡に指定されている。明治維新に至るまで、25代177年間の間、11代目までが代官、12代目の[[大原彦四郎]]からは[[郡代]]が治めた。
 
明治元年([[1868年]])、飛騨は[[明治政府]]によって収公され、[[飛騨県]]、[[高山県]]、[[筑摩県]]を経て[[岐阜県]]に編入された。