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中間子はもともと[[陽子]]と[[中性子]]を原子核中で束ねている力を伝達していると予想されていた。[[ミュー粒子]]が最初に発見されたとき、質量が近いことから中間子と考えられ、「ミュー中間子」と名付けられた。しかし、[[核子]]を強く引き付ける力がないことから、実は[[レプトン (素粒子)|レプトン]]であったと判明した。後に、本当に力を伝達する[[パイ中間子]](ミュー粒子に崩壊する)が発見された。
 
[[2003年]][[11月14日]]、[[高エネルギー加速器研究機構]]の加速器「Bファクトリー」にてクォーク4個からできた新中間子「X(3872)」が発見された。この粒子はその質量などからD中間子D<sup>0</sup>と<math>\mathrm{\bar{D^0}}</math>の組み合わせでできていると見られている。しかしながら、これはクォーク2個と反クォーク2個からなる一つのハドロンではなく、二つのメソンからなる分子状態と考えられている。同機構は[[2007年]][[11月9日]]にも、クォーク4個からできた新中間子「XZ(4430)」を発見したと発表している。
 
中間子は、[[湯川秀樹]]によって理論的に予言され、これが彼のノーベル物理学賞の受賞理由となった。