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キャノンは天体のスペクトル写真を目で分類し、助手が記録するという方法で、見やすい場所では1分間に3個ほどの速さで分類することができた。1922年に6ヶ月間[[ペルー]]の[[ハーバード観測所]]に派遣され、[[南半球]]の星の写真を撮影した。帰国後、ヘンリードレイパー拡大カタログHenry Draper Extension Catalogueの作成に取り組み、カタログは1929年、1936年、1949年に刊行された。
1931年に[[米国科学アカデミー|全米科学アカデミー]]からヘンリー・ドレーパーメダルを受賞した最初の女性となり、1934年から彼女を記念して、女性天文学者に贈られた[[アニー・J・キャノン賞]]が創設された。後進の女性天文学者のための奨学金として賞金の大部分を寄付した。
生涯を通じて300の[[変光星]]と5個の[[新星]]と、2重星を発見した。また、350,000個の星の分類をおこなった。
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