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分類の仕方によっても異なるが、ミズニラ属の種は世界中に64-400種がいるとされる<ref name="Acta">M. Takamiya etc.(1998)「Biosystematic Studies on the Genus Isoetes (Isoetaceae) in Japan. IV. : Morphology and Anatomy of Sporophytes, Phytogeography and Taxonomy」Acta phytotaxonomica et geobotanica '''48'''(2) pp.89-121</ref>。また雑種をつくることもある。
日本には、以下の4種（変種、雑種除く）が
*[[ヒメミズニラ]]（''I. asiatica''）
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