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== 駅構造 ==
[[プラットホーム#形状と配置|島式ホーム]]2面4線と留置線2線を有する[[高架駅]]である。留置線2線は2本の[[プラットホーム#形状と配置|島式ホーム]]の間に設置されており、主に当駅発着列車の留置に使用される（但ただし、間合いの長い列車は[[亀川駅]]まで回送されることがある）。駅本屋は1966年（昭和41年）に完工した2代目のものである。数度のリニューアル工事が行われており、ここ最近では2005年（平成17年）4月に構内外と北側専門店街が改められ、現在の外観となっている。現ホーム完工時は日豊本線の無煙化前であり、また夜行列車も数多く運転されていた名残で、現在もホームに洗面台や鏡が設置されている。
{| border="1" cellspacing="0" cellpadding="3" frame="hsides" rules="rows" style="margin-top:.4em; text-align:left"
{| style="border-collapse: collapse;"
|+ style="font-weight:bold; text-align:left"|のりば
|-
!rowspan="3" style="border-top: 2px ridge; width:40px" 2em;"rowspan=2|1
| style="border-topwidth: 2px ridge; padding-right: 1em;500px"|<span style="color:red">■</span>特急「[[にちりん (列車)|ソニック]]」「[[にちりんシーガイア・]]」「[[ドリームにちりん]]」
|大分・佐伯・宮崎空港方面
| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|[[大分駅|大分]]・[[延岡駅|延岡]]・[[宮崎駅|宮崎]]方面
|-
| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|<span style="color:red">■</span>特急「[[ソニック (列車)|ソニック]]」日豊本線
|大分・鶴崎方面
| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|大分行（一部、[[佐伯駅|佐伯]]行）
|-
!style="width:40px" rowspan=2|2
| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|<span style="color:red">■</span>日豊本線 ▼| style=" border-topwidth: 2px ridge; padding-right: 1em;500px"|<span style="color:red">■</span>特急「 [[にちりん ]]」 ▼| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|大分・[[臼杵駅|臼杵]]・佐伯方面
|大分・宮崎方面
|-
▲| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|<span style="color:red">■</span>日豊本線
! rowspan="2" style="border-top: 2px ridge; width: 2em;"|2
|大分・鶴崎方面
▲| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|<span style="color:red">■</span>特急「にちりん」
| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|大分・延岡・宮崎方面
|-
!style="width:40px" rowspan=2|3
| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|<span style="color:red">■</span>日豊本線（特急待避する列車）
| style=" border-topwidth: 2px ridge; padding-right: 1em;500px"|<span style="color:red">■</span>特急「[[九州横断特急]]」 、日豊本線（主に、特急を待避する普通列車）▼| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|大分・臼杵・佐伯方面
|熊本・人吉方面
|-
|<span style="color:red">■</span>日豊本線
! style="border-top: 2px ridge; width: 2em;"|3
|宇佐・中津方面
▲| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|<span style="color:red">■</span>特急「[[九州横断特急]]」、日豊本線（主に、特急を待避する普通列車）
| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|[[豊後竹田駅|豊後竹田]]・[[熊本駅|熊本]]・[[人吉駅|人吉]]方面と[[杵築駅|杵築]]・[[柳ヶ浦駅|柳ヶ浦]]方面
|-
!style="width:40px" rowspan=2|4
! rowspan="3" style="border-top: 2px ridge; border-bottom: 2px ridge; width: 2em;"|4
| style="border-topwidth: 2px ridge; padding-right: 1em;500px"|<span style="color:red">■</span>特急「ソニック」「にちりん」「にちりんシーガイア・」「ドリームにちりん」
|中津・小倉・博多方面
| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|[[小倉駅 (福岡県)|小倉]]・[[博多駅|博多]]方面
|-
| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|<span style="color:red">■</span>特急「にちりん」日豊本線
|宇佐・中津方面
| style="border-top: 2px ridge; padding-right: 1em;"|[[中津駅 (大分県)|中津]]行き102号
|-
| style="border-top: 2px ridge; border-bottom: 2px ridge; padding-right: 1em;"|<span style="color:red">■</span>日豊本線
| style="border-top: 2px ridge; border-bottom: 2px ridge; padding-right: 1em;"|杵築・柳ヶ浦・中津方面
|}
※「ソニック」と接続しない「にちりん」の一部は1番または3番のりばに発着。
※現在、「[[ゆふ・ (列車)|ゆふ]]」「[[ゆふ (列車)|ゆふDX・]]」「[[ゆふ (列車)|ゆふいんの森]]」は[[大分駅]]高架化工事に伴い別府始発・終着を休止中。
※九州横断特急は大分駅高架化工事で新設された渡り線と下郡信号場で豊肥本線と合流するため、別府始発・終着は継続 ▼
駅本屋は[[1966年]]（[[昭和]]41年）に完工した2代目のものである。数度のリニューアル工事が行われており、ここ最近では[[2005年]]（平成17年）4月に構内外と北側専門店街が改められ、現在の外観となっている。
▲※ 「九州横断特急 」は大分駅高架化工事で新設された渡り線と下郡信号場で [[豊肥本線 ]]と合流するため、別府始発・終着は継続 。
現ホーム完工時は日豊本線の無煙化前であり、また夜行列車も数多く運転されていた名残で、現在もホームに洗面台や鏡が設置されている。
* [[みどりの窓口]]が設置されている。
* 駅中央口出改札は[[九州旅客鉄道|JR九州]]直営、南改札口はJR九州子会社の[[別府ステーションセンター]]への業務委託である。
* 自動放送導入駅。
* 2010年（平成22年）3月14日から中央口のみ自動改札機が導入された（大分県内では､[[大分駅]]･[[中津駅 (大分県)|中津駅]]に続ていて3駅目の設置である。ただし[[SUGOCA]]には非対応（2012で、2012年に導入予定））である。
駅内高架下中央改札横に[[観光案内所]]がある。また商業施設としては、南側に南名店街「BIIS南館（核店舗：[[ダイエー]]別府店・[[明林堂書店]]JR別府駅店）」「別府駅市場」、北側に北名店街「B-Passage（核店舗：[[ヤマダ電機]]別府駅前店）」という商店街があり、食料品店や衣料品店の他に土産物屋やペット温泉なども存在する。なお南名店街については、南改札口と直結している他に構内と接続する通路がないため、中央改札付近から南名店街へ移動する際には一度駅コンコースから構外に出る必要がある。また、ヤマダ電機別府駅前店は別府駅に隣接する別の建物である。B-Passage内には[[am/pm]]もあり、24時間利用出来る。
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