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21世紀に入り、イギリスやアメリカなどホメオパシー先進国の影響を受けた新興の国内団体がつぎつぎに発足しているが、前述のような[[山口新生児ビタミンK欠乏性出血症死亡事故]]などを受けて、その危険性を指摘する声も高まっている。また、イギリスのように公的保険の対象にこそなっていないものの、2010年(平成22年)1月28日の予算委員会で[[長妻昭]][[厚生労働大臣]]が「統合医療の省内でプロジェクトチームをつくりまして、これを一本にまとめていくということで検討していくということであります。
 統合医療は、もう言うまでもなく、西洋医学だけではなくて、(中略)、'''ホメオパチー'''などいろいろな広がりがあるものでございまして、厚生労働省といたしましても、この二十二年度の予算でかなりこれまで以上に、研究分野の統合医療の研究について十億円以上の予算を計上しまして、その効果も含めた研究というのに取り組んでいきたい」と答弁した<ref>[http://kokkai.ndl.go.jp/SENTAKU/sangiin/174/0014/17401280014003a.html 第174回国会 予算委員会 第3号 平成22年1月28日(木曜日)]</ref>。また、助産師とホメオパシーの親和性がたびたび批判され、助産師界のトップにホメオパシーを支持する人間がいるのではないかといった疑惑がある。
2010年には国立市在住の43歳女性が、通っていたホメオパシー療術所「あかつき療術所」所属のホメオパス<ref>ホメオパシーによる治療等の相談を受け指導する役職。各ホメオパシー推進団体により民間資格として発行されている。</ref>の助言により体調の悪化にもかかわらず病院へ行かなかったため手遅れの[[悪性リンパ腫]]で死亡する事件が発生している<ref>[http://www.asahi.com/health/news/TKY201008100476.html]</ref>。この件は刑事事件としては立件されなかったものの、死亡した女性と親交のあった東村山市[[カンバーランド長老教会|カンバーランド長老]]キリスト教会めぐみ教会荒瀬牧彦牧師が先頭に立ち「あかつき」問題を憂慮する会」を結成した。<ref>[http://www012.upp.so-net.ne.jp/mackboxy/Health/]</ref>
 
[[財団法人]][[日本ホメオパシー財団]]は2008年12月1日に設立された<ref>http://jphf.or.jp/aboutus/summary.html</ref>とされるが、[[一般社団法人及び一般財団法人に関する法律]]が同日に施行されたため、同日以降の財団法人の設立はありえない(一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律43条)。実体は株式会社[[ホメオパシージャパン]]、[[ホメオパシー出版]]株式会社と、次の「日本ホメオパシー医学協会」の企業群である。「ホメオパシージャパン系」と称される。