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[[有害物質]]を含む地下水が川や池等に流れこむと地下水に含まれていた有害物質は[[凝集]][[沈殿]]し、水底に堆積する。[[底質]]に多くの有害物質が蓄積されると[[底質汚染]]が引き起こされる。水底や底質に生きる動植物が体内で有害物質を濃縮蓄積し、[[食物連鎖]]を通してさらに高濃度の有害物質が動物の体内で形成され、やがて人がそれを食するようになり、健康被害が懸念される。
 
=== [[水源林保護の課題]] ===
近年、日本国内の良質な地下水(表流水の一部も含むと言われている)を輸出するため、国外企業が、経済的に疲弊している[[林業]]事業者から大規模に[[森林]](水を保水・供給するという意味での[[水源林]])を購入していることが明らかとなった。日本には規制する法令等が未整備であることから、大量の採水が行われ、大量に系外に出されることにより[[水循環]]を阻害する事が危惧されている。<ref>「日本の水源林の危機 グローバル資本の参入から『森と水の循環』を守るには」(2009)、「グローバル化する国土資源(土・緑・水)と土地制度の盲点 日本の水源林の危機 II」(2010)、いずれも東京財団</ref>