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:L字型の短い側に相当する。一次構造上の両末端が対合しているが、ゆらぎ塩基対を含む場合がある。5'末端は[[リン酸基]]を持つ。3'末端側はCCAの3塩基が突出し、末端の[[アデノシン]]残基にアミノ酸が共有結合する。CCA配列は殆どの[[真正細菌]]ではtRNA本体と同様に遺伝子から転写されるが、[[真核生物]]と[[古細菌]]においては転写後にCCA付加酵素によって付加される。古細菌ではクラスI-CCA付加酵素、真核生物(と一部の真正細菌)ではクラスII-CCA付加酵素によって行われる。
;Dアーム
:L字型の長い側の基部に相当し、アンチコドンアームに対して上流側のステムループである。Dループ-Tループの相互作用は三次構造形成に重要である。[[アミノアシルtRNAシンセテース]]によって認識される部位だと考えられている{{要出典|date=2009年3月}}。[[修飾塩基]]として[[ジヒドロウリジン]](D)を含むことが多い。
;アンチコドンアーム
:L字型の長い側の先端に相当するステムループであり、ループ中に[[コドン]]と対合するアンチコドンが存在する。アンチコドンの1文字目には様々な修飾塩基が見られ、コドン認識に重要な役割を担っている。アンチコドンの3'側に隣接する37位も頻繁に修飾を受ける。
;Tアーム
:L字型の関節部に相当し、アンチコドンアームに対して下流側のステムループである。[[リボソーム]]によって認識される部位だと考えられている{{要出典|date=2009年3月}}。典型的なtRNAではループ中にTΨCという保存配列があり、RNAであるにも関わらず修飾塩基として[[チミジン]](T, 正確には[[リボチミジン]](rT)または[[5-メチルウリジン]](m<sup>5</sup>U))を含むことが多い。T、Ψ([[シュードウリジン]])とも生物種によってはそれらの類縁体になっていることもある。
 
[[セレノシステイン]]-tRNAと、ピロリジン([[:en:Pyrrolysine]])-tRNA は例外的に他のtRNAにない様々な特徴を持つ。
 
==アンチコドン==
{{正確性|section=1|date=2008年3月}}
 
[[mRNA]]上の[[コドン]]と対合する3塩基を[[アンチコドン]]と呼ぶ。例えばAAAというコドンは[[リジン]]をコードしているが、これに対応するリジンtRNAのアンチコドンはUUUとなっている。しかしこの対応関係は1対1とは限らず、1つのアンチコドンが同じアミノ酸をコードする複数のコドンを認識する場合がある。仮に1対1だとすれば61種のtRNAが必要になるが、通常はこれよりも少ない種類のtRNAしか存在しない。