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開発当初は、ポリシーの管理不要な物理的な改ざん防止を実現したSAKURA Linux（コード名であり正式名称ではない）が存在し、[http://www11.plala.or.jp/tsh/ss2004.html セキュリティ・スタジアム2004]の[http://www.jnsa.org/active/press/vol12pdf/4_report4.pdf 報告書]などにその名前がでてくるが、現在SAKURAの機能は、TOMOYO本体に統合されている。
 
TOMOYO Linuxプロジェクトは、当初[[日本]]国内ユーザに特化する考えを持っていたが、[[CE Linux Forum]]の[http://tree.celinuxforum.org/CelfPubWiki/JapanTechnicalJamboree12 Japan Technical Jamboree12]やにおける[[情報家電]]・[[組み込みシステム|組み込み]]開発者からの組み込み開発者の多くはカーネルへのパッチ適用を避ける傾向があるという意見と[http://blog.miraclelinux.com/yume/2008/08/tomoyo-linux-80.html YLUG（横浜Linuxユーザグループ）カーネル読書会]などでの議論と「熱い洗礼」を受けて、メインライン化（標準機能としてリーナス・トーバルズによりメンテナンスされているソースコードブランチへの統合）を目指すよう方針を変更。Linux Kernel Mailing Listにてメインライン化に向けて提案を行い、幾つかの改善点を取り入れた上で、2009年6月9日([[PDT]])にバージョン2.6.30に搭載された。<ref name="lkml">
{{cite mailing list
| url = http://lkml.org/lkml/2009/6/9/710
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