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特に[[11世紀]]には[[内裏]]や大寺社の火災が多く、これらの再建を目的とした臨時課税が困難になる状況を来した。そのため、単なる既成事実であった国免荘にも課税([[一国平均役]])をするため、たびたび[[荘園整理令]]が出された。これらの荘園整理令はある基準年以降の新立荘園を停止する一方、それ以前に発生していた国免荘を臨時課税の対象として正式に公認化するものでもあった。それまでの荘園は上級貴族や大寺社が独占的に租税収納権をもつ農地が公領の農地の中に散在しているに過ぎなかったが、これらの荘園整理令に際し、公領と荘園を識別して一国平均役を課することを容易にするため、荘園を一つの領域に統合する措置が行われた。ここに上級貴族や大寺社が派遣した荘官が、行政や徴税を国家から依託される、統治領域としての荘園が成立した。
 
こうしてそれまで各国の体制は、荘園も含めて一元的に受領の支配下にあったものが、荘官の支配する荘園と、受領の支配下にある公領が、大きく二分して土地・民衆支配をする形態に移行した。こうした体制下の公領を、受領の指揮下にある国衙の領地とみなして、国衙領と呼ぶ。また、[[歴史学者]]の[[網野善彦]]は、中世日本の社会が荘園と公領から構成されていることに注目して[[荘園公領制]]という概念を提唱した。<!--在庁官人--->
 
国衙領は、[[鎌倉幕府]]が成立すると次第に[[守護]]・[[地頭]]の勢力の下に置かれるようになっていったが、[[室町時代]]にも残存し、[[太閤検地]]により解体された。