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乳幼児のビオチン欠乏は出産時に、ビオチン欠乏の母親から悪玉菌優勢の[[腸内細菌]]叢を引き継ぐこと<ref>[[乳酸菌]] {{snamei|Lactbacillus plantarum}} ATCC8014 などはビオチンを食べて繁殖する、そのためビオチンの濃度検査にも使用されている。</ref>や、母乳中にビオチンが少ないことで発症するといわれている。生活環境では、[[喫煙]]、[[アルコール]]、[[乳製品]]、生卵白などの取りすぎはもとより、頻回の下痢、抗生物質や[[ストレス]]などで[[腸内細菌]]叢の構成に異状をきたしたとき、その他にも、完全静脈栄養施行時、腎臓透析施行時、または、長期にわたり、ペプチドミルク(乳幼児)、一部の抗てんかん薬、鎮痛薬などを服用したときに欠乏する。食物中のビオチンは卵黄中にも存在しているが、アビジンや[[リジン]]などタンパク質と結合した結合型であり、穀物中のビオチンは吸収できないなど、生体内での利用がしにくい。これに対し、腸内バクテリアが産生しているビオチンは活性型といわれている遊離型である。
 
[[腸内細菌]]叢で産生しているビタミンは種々あるが、食物から摂取しにくいビタミンはビオチンに限らず[[ビタミンK|ビタミンK2K<sub>2</sub>]](Menaquinone)なども腸内バクテリアが産生している、このビタミンK2K<sub>2</sub>は食物ではチーズにはMK-9、納豆にはMK-7が主に含まれている、MK-7はバクテリア以外には産生しないため、抗生物質などの内服により、[[腸内細菌]]叢の構成の変化により欠乏症をおこしたばあい、[[骨粗鬆症]]などの発症原因になるといわれている。
 
ビオチンは様々な[[薬物相互作用]]があり、処方されている内服薬との関係を調査しなければならない。飲食物との相互作用もあり、喫煙、副流煙による受動喫煙はビオチンの効力をなくしてしまうことや、飲酒はビオチンを多量に消費してしまうので避けるべきである。その他にも乳製品の偏った食べ過ぎや生卵白などは効力を減弱させてしまう。他に[[ステロイド]]の内服はビオチン欠乏症を増悪させてしまい、使用していると、改善、治癒([[緩解]]、[[寛解]]状態ではない)できなくなってしまうので、外用薬として使用することが望ましい。