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===中期防衛力整備計画===
しかし日米両政府はアメリカ空軍と[[航空自衛隊]]による「軍軍共用化」で合意しており、航空管制権が日本側に返還され、航空自衛隊が受け持つことになる。
 
この合意実現すると、同基地には空軍第5・第13航空軍司令部と、東京都[[府中市 (東京都)|府中市]]から移転してくる航空自衛隊[[航空総隊]]司令部が同居することになった。共用化や総隊司令部の移転などは当初の予定では[[2010年]]となっていたが、[[2012年]][[3月26日]]、移転が完了し、同日から総隊司令部ほかが運用を開始した<ref>[http://www.jiji.com/jc/zc?k=201203/2012032600027 航空総隊司令部、横田基地に移転=ミサイル防衛など連携強化-空自] [[時事ドットコム]]</ref>。同庁舎地下には空自と米軍が一堂に会する「共同統合運用調整所」が設けられ、地下通路でアメリカ空軍の指揮所とも行き来できる<ref>[http://www.tokyo-np.co.jp/article/politics/news/CK2012032602000170.html 日米ミサイル防衛一体化 横田基地 運用開始] [[東京新聞]]2012年3月26日夕刊</ref>。
 
全世界的な米軍再編の動きに従って、[[キャンプ座間]]([[神奈川県]])への陸軍第一軍団司令部移転計画(現在は米[[ワシントン州]]フォートルイスに所在)が存在し、これが実現した場合、四軍の司令部が日本に揃うことになり、“日米軍事一体化・アメリカの世界戦略への協力だ”として反対する一部[[反米]]左派系[[市民団体]]の反発もあるが、日本政府は米軍再編へ協力する姿勢を示している。