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==== 平成 ====
*[[1990年]]6月 生体医療工学研究センター、留学生センター設置。医用高分子研究センター、国際交流センター廃止
*[[1991年]]4月 大学院人間・環境学研究科、生態学研究センター設置。木材研究所を木質科学研究所と改称
*[[1992年]]10月 総合人間学部設置
*[[1993年]]3月 教養部廃止
*[[1994年]]6月 高等教育教授システム開発センター設置
*[[1996年]]4月 大学院エネルギー科学研究科、アフリカ地域研究資料センター設置。原子エネルギー研究所とヘリオトロン核融合研究センターを統合しエネルギー理工学研究所に改組。アフリカ地域研究センター廃止
*[[1997年]]4月 総合博物館設置。情報処理教育センターと工学部附属高度情報開発実験施設を統合しを総合情報メディアセンターに改組
*[[1998年]]4月 大学院アジア・アフリカ地域研究研究科、情報学研究科設置。胸部疾患研究所と生体医療工学研究センターを統合し再生医科学研究所に改組
*[[1999年]]4月 大学院生命科学研究科設置
*[[2000年]]
**4月 超高層電波研究センターを宙空電波科学研究センターに改組
**11月 大学文書館設置
*[[2001年]]4月 食糧科学研究所を大学院農学研究科に統合。国際融合創造センター設置。
*[[2002年]]4月 地球環境学大学院（大学院地球環境学研究部・地球環境学教育部）、低温物質科学研究センター、福井謙一記念研究センター設置。大型計算機センター、総合情報メディアセンター、学術情報ネットワーク機構を統合し、学術情報メディアセンター設置
*[[2003年]]4月 理学研究科附属瀬戸臨海実験所、農学研究科附属演習林、亜熱帯植物実験所、水産実験所を統合し、フィールド科学教育研究センターに改組。高等教育教授システム開発センター、学術情報メディアセンターの一部、総合人間学部の一部を改組して高等教育研究開発推進センターを設置。高等教育研究開発推進機構設置。体育指導センター廃止
*[[2004年]]4月 木質科学研究所と宙空電波科学研究センターを統合し、生存圏研究所に改組。東南アジア研究センターが附置研究所に昇格。遺伝子実験施設を廃止。国立大学法人法の規定により[[国立大学法人]]となる
*[[2005年]]
**4月 留学生センターを国際交流センターに改組。環境安全保健機構、国際イノベーション機構、国際交流機構、情報環境機構、図書館機構設置
**11月 事務本部を経営企画本部と教育研究推進本部に分割、改組
**12月 [[京都大学アメフト部レイプ事件]]起こる。[[スーパーフリー事件]]を受けて新設されて以来初めて集団準強姦罪が適用された<ref>[http://www.geocities.jp/masakari5910/seihanzai_hanrei03.html 性犯罪・判例 集団強姦罪の場合] 更新：2009年04月19日。2009年6月5日に取得。</ref>、「酒を用いて集団で強姦」する事件である。
*[[2006年]]
**4月 薬学教育6年制移行により、薬学部薬学科を6年制に移行（総合薬学科廃止）4年制学科の薬科学科を設置。公共政策大学院（大学院公共政策連携研究部・公共政策教育部）と経営管理大学院（大学院経営管理研究部・経営管理教育部）設置。[[京都大学地域研究統合情報センター|地域研究統合情報センター]]を設置し、[[国立民族学博物館]]より事業継承。本部事務組織を改組。生存基盤科学研究ユニット設置
**7月 次世代開拓研究ユニット設置
**9月 女性研究者支援センター設置
*[[2007年]]
**3月 医療短期大学部を廃止
**4月 こころの未来研究センター、先端医工学研究ユニット、生命科学系キャリアパス形成ユニット設置
*[[2010年]]4月 [[iPS細胞研究所]]設置
*[[2011年]][[3月11日]] - [[東日本大震災]]発生。京都大学の設備に被害は無かったが、旅行で[[仙台空港]]の傍にいた4年生3人が津波に呑まれ、23日に死亡が判明した。京大は3人とも卒業要件を満たしていたことから、特例で卒業を認めた。
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