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しかし、そのような姿を持つ微生物一般のコロニーを見た場合、それを指してカビと言うことも多い。特に[[菌類]]の[[菌糸体]]の錯綜したものを指す。従って、日常的に[[キノコ|きのこ]]と俗称される大型の[[子実体]]をもつ菌類でも、その[[栄養体]]である菌糸体だけが視認された場合、カビと認識される。また、菌糸体を生じない菌類である[[酵母]]であっても、密で表面が粉状の集落を形成する場合、これもカビと認識されることがある。
 
なお、水中に成育する糸状の菌類的生物も[[ミズカビ]]などと称される。ただし、現在ではその大部分([[卵菌]]類)は菌類ではないものと考えられている。もっとも、つい最近まで菌類と考えられていたので、この名はやむを得ないところである。また、その生活の型は充分にカビ的である。
 
また、カビという言葉が小型の菌類の名称として使われたことから、[[ツボカビ]]や[[フクロカビ]]など、菌糸を形成しないものにもその名が使われる。菌類以外にも、[[変形菌]](ホコリカビ)や[[細胞性粘菌|タマホコリカビ]]などのように一部の[[原生生物]]には、カビという名称が付けられている。このように、カビを生物学的に定義することは難しいが、ここでは応用[[微生物学]]的見地から、菌類のうち、きのこと認識される子実体を形成するものと酵母を除いたものについて、以下に詳述する。