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単結合A-Bについての立体配座は、結合X-Aと結合B-Yの[[二面角]]で区別され、以下のように命名されている。
 
*二面角0~300〜30度:'''シンペリプラナー'''(synperiplanar:記号sp)
*二面角30~9030〜90度:'''シンクリナル'''(synclinal:記号sc)
*二面角90~15090〜150度:'''アンチクリナル'''(anticlinal:記号ac)
*二面角150~180150〜180度:'''アンチペリプラナー'''(antiperiplanar:記号ap)
 
単結合についての立体配座は[[ニューマン投影図]]で表すことが多い。
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例外的な単位としては以下のものがある。
*'''超二次構造''':ロスマン構造、αα'ターンなど
*'''モジュール''':超二次構造とほぼ同義、20~3020〜30アミノ残基を一つの単位とした構造
*'''[[タンパク質ドメイン|ドメイン]]''':100~150:100〜150アミノ残基を単位とした構造、[[真核生物]]の[[エキソン]]がドメインに該当すると言う説がある([[ドメインシャフリング説]])。
また、特に三次構造以上の構造を『'''タンパク質高次構造'''』と呼ぶ。四次構造に至るまでのコンフォメーションは全て'''アミノ酸配列によって厳密に決定されている'''。