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: 淡水を中心に分布する藻類で、多くは[[プランクトン]]性の生活を営む。単細胞遊泳性の生物が多いが、''Dinobryon''(サヤツナギ)の樹状群体や ''Uroglena'' の球状群体といった体制も見られる。珪酸質の鱗片を細胞表面に持つ生物もあり、その内 ''Synura'' 属や ''Mallomonas'' 属はシヌラ藻綱として区別する意見もある。古くはパルマ藻やペラゴ藻、ディクチオカ藻も黄金色藻に含められていたが、現在では分離されている。
; [[ラフィド藻]]綱 Raphidophyceae
: 淡水と海水に分布する。細胞外被として[[細胞壁]]や鱗片を持たない点、従って非常に細胞形態が不安定で変形しやすい点が特徴である。また、細胞内に葉緑体が数個数十個と多数見られ、他の藻類と区別しやすい。ラフィド藻は淡水では地味な存在であるが、海洋、特に沿岸域では頻繁に大発生して[[赤潮]]を引き起こす。赤潮からも分かる通り、海産の種は赤褐色オレンジ色をしているが、淡水産のものは[[緑藻]]類のような緑色である。これは、淡水種がカロテノイドのうちフコキサンチンを欠く事による。参考:[[赤潮]]
; 黄緑藻綱 Xanthophyceae
: 淡水を中心に分布する藻類。ごく少数が海水域や汽水域に分布する。色は黄緑というよりも緑色に近く、しばしば緑藻と区別する事が困難である([[ヨウ素|ヨウ素液]]のようなα-1,4グルカン特異的な染色液により染色'''されない'''事で判別できる)。体制は多彩で、球形(''Botrydiopsis'')、遊泳性(''Heterochloris'')、アメーバ状(''Rhizochloris'')、樹状群体(''Mischococcus'')、糸状群体(''Tribonema'', ''Ophiocytium'')など様々である。