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ヘッケルはダーウィンによる「進化」という思想を支持したが、個別理論としての適者生存説は支持していない。彼自身の学説は、ラマルクの思想（[[ラマルキズム]]）である用不用説に近い。
ヘッケルは「個体発生は系統発生を反復する」という「[[反復説]]」(Recapitulation theory)という独自の発生理論を唱えた。この説は、修正を受けながらも、今も、発生学の一翼を担っている。また、これに基づく動物の系統論を展開し、動物の多細胞化について[[ガスツレア説]]を提唱し、これも修正や批判を受けながらもこの分野においてほぼ主流として位置づけられた。
ヘッケルは、新種の発見、命名者としても知られている。その数は3000種を越えるといわれるが、なかには、今日では、彼の分類や発見自体が修正されている生物も存在している。
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