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DNA配列上には現れないが[[遺伝子発現]]の変化による遺伝形質の変化についても、研究が進められている。塩基配列の変化を伴わない遺伝子の制御は[[エピジェネティクス]]と呼ばれ、[[DNAメチル化|DNAのメチル化]]による遺伝子発現抑制や[[ヒストン]]の化学修飾による遺伝子発現変化などがある<ref>佐々木(2005)</ref>。しかしこの様な化学修飾は[[細胞分化]]に大きな役割を持ち、化学修飾が多世代を超えて長期間維持されることはないため、進化の原動力になるか疑問である。ただゲノムには狭義の遺伝子([[コーディング領域]])のみでなく遺伝子の制御領域([[プロモーター]]や[[シスエレメント]])があり、遺伝子の制御領域の突然変異が進化の原動力になる事がある<ref>Jiménez-Delgado S et al (2009)</ref>。
 
一般的に言えば「遺伝子の突然変異は "[[ランダム]]"に起こる言わ主張さている。ただし、実際には突然変異はあらゆる意味で「ランダム」とは言えない。

ドーキンスによば、この主張の意味は、環境に応じて適応的な変異がより生じやすくなるというようなことはない(寒いからといって、[[毛皮]]を厚くする突然変異が暑い場所よりも生じやすくなることはないなど)という意味だそうあり、あらゆる意味でランダムというわけではないということに注意が必要であるのだという<ref>ドーキンス(2004a) pp.482-485, 493-494</ref><ref>Ridley(2004) p.88-89</ref><ref>Futuyma(2005) pp.178-179</ref>。[[ジャン=バティスト・ラマルク|ラマルク]]は、より多く使われた器官が発達し、その発達が次世代に遺伝することで適応的な遺伝的変異が生じるとした([[用不用説]])が、この説は誤りであることがわかっている<ref>ドーキンス(2004a) pp.452-453</ref>。「{{要出典範囲|突然変異はこのような説<u>を否定する意味においてのみ</u> "ランダム"である。実際には突然変異はあらゆる意味で「ランダム|date=2014年3月}}」とは言えず、たとえば[[放射線]]や[[発癌性]]物質によって誘発主張された{{誰|date=2014年3月}}
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遺伝子突然変異の種類の分類だけでなく、それぞれの分類の確率の分布を、本当に科学的に統計調査した資料を示すべき。調査も行わず、ただの思い込みで主張した文を、出典も示さず。
どこかの誰かが主張していても、本当はその主張は、科学的調査も行わず、当て推量をしたものや、固定観念にとらわれた、インチキ科学にすぎないだろうが。-->
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例えば、と言って、根拠も無しに、思いついた分類タイプを列挙するのはいかがなものか。本当に頻度の多いものから順に、正確な統計数字(できれば小数点以下まで)を挙げられるようでなければ、正確な自然科学とは言い難い。ただの蓋然的な文章。古い哲学風の文章。
 
{{要出典範囲|たとえば[[放射線]]や[[発癌性]]物質によって誘発される|date=2014年3月}}」。-->
 
突然変異は発生の過程を変化させることによって[[表現型]]を変化させるので、変化の範囲には限りがある<ref>ドーキンス(2004a) pp.491-493</ref>。この制約がどの程度実際の進化に影響するかについては議論がある<ref>ルース(2008) Ch.11</ref>。