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アニメーションの仕事は、広告代理店である[[電通]]からの依頼で『[[ムーミン]]』へと参加したのが始まりである。この時から、アニメーション制作会社の[[虫プロダクション]]と、[[東京ムービー]]との付き合いも始まることになる。代表作である『[[マジンガーZ]]』は、前番組のTV特撮シリーズ『[[ミラーマン]]』の広告代理店でもあった[[アサツー ディ・ケイ|旭通信社]]からの依頼によるもので、その際に[[東映アニメーション|東映動画]]の[[横山賢二]]プロデューサーからの信頼も獲得。同社での仕事も増加して行くことになる。1980年代には、旭通信社からアニメーション制作会社[[カナメプロダクション]]を紹介され『[[プラレス3四郎]]』や『[[ウインダリア]]』の脚本を執筆。ここでは[[イラストレーター]]の[[いのまたむつみ]]や、藤川の弟子となる、脚本家志望の[[武上純希]]との出会いを得た。ただし、武上は『プラレス3四郎』の文庫版コミック解説で、藤川が自著で武上を弟子と書いたことに触れて「藤川の記憶違い」と否定している。
 
TVアニメーションは、東映動や東京ムービー、そ段階から参加メインライターをつとめた『[[宇宙戦艦ヤマト]]』にて知が代表作であ合った[[漫画家]]『宇宙戦艦ヤマト』は、そ[[松後の日零士]]作品アニメの流れ数多く手がけており、[[かえた社会現象作になった。その後1970年代]]後半から1980年代にはアニメ版『[[マジンガーZ銀河鉄道999]]』を最多脚本執筆1980年代には『[[六神合体ゴッドマーズ]]』は原作をほぼ藤川のオリジナルといえるほどにアレンジしてメインライター(シリーズ構成)を手がけ、これらの作品も社会現象作も輩出していとなる。しかし、1980年代も半ばになると番組スポンサー主導の番組作りへの違和感や、昔ながらの物語性よりも視覚性を重視した『[[超時空要塞マクロス]]』などの出現に時代の変質を感じ取り、放送業界への見切りをつける。小説家への転身を決意した藤川が、[[1984年]]から書き下ろした小説『宇宙皇子(うつのみこ)』シリーズは、[[いのまたむつみ]]の挿絵の魅力も手伝い大ヒット。長期シリーズとなり、のちの[[ライトノベル]]の礎を築いた。
 
[[1990年代]]以降は、創作活動を小説に絞っていた藤川だったが、[[2000年代]]になって、かつての盟友[[松本零士]]のアニメ化作品や、円谷プロの『[[ウルトラQ]]』のリメイク、『六神合体ゴッドマーズ』の原作『マーズ』の再アニメ化などで、久々に脚本家活動を再開する。