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各細胞につき、遺伝子再構成が起こるのは[[相同染色体]]の片方だけであり、再構成がないほうの遺伝子は不活化される。
 
=== 体細胞超変異 (SHM<ref>{{lang-en-short|somatic hypermutation; SHM}}</ref>) ===
[[幹細胞]]が分化して体のさまざまな細胞に分化していくが、この分化した細胞を[[体細胞]]という。幹細胞が体細胞に分化していくときにごく稀に遺伝子に変異が起こることがある(体細胞変異)。B細胞は変異の頻度が極めて高く、1万倍にも及ぶ<ref>Rajewsky K, Forster I, Cumano A. "Evolutionary and somatic selection of the antibody repertoire in the mouse." ''Science'', 238, 1987, p.p. 1088-1094. PMID 3317826</ref>。これは末梢の成熟したB細胞の中で、T細胞依存性抗原で活性されたB細胞は胚中心を形成し、この微小環境内で免疫グロブリン遺伝子のV領域が、[[活性化誘導シチジンデアミナーゼ|AID]](activation-induced cytidine deaminase)により様々な塩基置換を引き起こされるためである。このメカニズムを体細胞超変異といい、ヒトやマウスにおいて抗体の多様性や親和性の成熟に関与している<ref name ="Li,2004" />。
 
=== 遺伝子変換 (<ref>{{lang-en-short|gene conversion) }}</ref>===
V(D)J遺伝子再構成を終えた可変領域遺伝子が、V遺伝子上流に存在する[[偽遺伝子]]にランダムに置換されて、多様性をつくる。これを遺伝子変換 (gene conversion; GC) といい、主にニワトリでみられる<ref>Weill JC, Reynaud CA, Lassila O, Pink JR. "Rearrangement of chicken immunoglobulin genes is not an ongoing process in the embryonic bursa of Fabricius." ''Proceedings of National Academy of Science of United States of America'', 83, 1986, p.p. 3336-3340. PMID 3010290</ref><ref>Weill JC, Reynaud CA. "Rearrangement/hypermutation/gene conversion: When, where and why?" ''Immunology Today'', 17, 1996, p.p. 92 -97. PMID 8808057</ref>。[[1986年]]レイノーらにより報告された<ref name ="Reynaud,1985">Reynaud CA, Anquez V, Dahan A, Weill JC. "A single rearrengement event generates most of the chicken immunoglobulin light chain diversity." ''Cell'', 40, 1985, p.p. 283-291. PMID 3917859</ref><ref>"系統看護学講座 専門基礎① 解剖生理学 人体の構造と機能[1]" ''医学書院'', p.p. 435.</ref>
 
=== クラススイッチ組み換え (CSR<ref>{{lang-en-short|class switch recombination; CSR}}</ref>) ===
V(D)J遺伝子再構成等の過程を経て生まれたB細胞は、抗原の刺激を受けると成熟化し、増殖する。この際、重鎖定常領域 (C<sub>H</sub>) をコードする遺伝子にDNA改変が起こり、最初IgMを分泌していたB細胞はIgG等他のクラスの免疫グロブリンを産生する。同じ可変領域を異なる定常領域と組み合わせることにより、さらに多様な抗体を作り出す。このことをクラススイッチ組み換えという<ref name ="Li,2004" />。