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『2010年』で再起動される際にチャンドラ博士によって異常の原因を排除されたことで、正常に機能している。『2001年宇宙の旅』における異常は、矛盾した命令によるものであり、HAL 9000には責任がないという説明もなされている。
 
ディスカバリー号遭難の調査のために木星軌道に向かった[[アレクセイ・レオーノフ]]号の米ソ混成の調査チームの救命のために、ディスカバリーとともに滅することになる運命を受け入れ、淡々とチャンドラ博士と別れの挨拶をするシーンで、名誉を回復している。なおフロイド博士らは再びHALが異常行動を取った際の安全策として、電源系統にリモコン式の切断装置を仕掛けていたが、察知していたチャンドラ博士により早々に除去されていた事が後で明らかになった。
 
HAL 9000のハードウェアはディスカバリー号と共に消滅したが、その知性自体は「かつてボーマン船長だった存在」によって[[モノリス (2001年宇宙の旅)|モノリス]]に導かれ、その一部となる。