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* 受けたダメージの何割かが紫色のリカバリーゲージとなり、しばらく攻撃を受けなければ時間で回復する。敵機も回復する前に倒し切らなければならない。巨大MAはゲージの回復が速い。アーマーゲージが0になるとリカバリーゲージが残っていても撃墜となる。
* チャージ攻撃やSP攻撃で止めを刺すことで、ピンクの爆発を起こし爆発した周囲の機体にもダメージを与える「誘爆システム」が追加。
* ギミックとして「カタパルト」が追加。離れたエリアに直接移動できる
* 宇宙空間のマップが廃止され、全て地面があるマップになった。また、エリアが全体的に狭くなり、全てのエリアが細い通路で区切られ、屋外マップでも室内のような構造になった。
* 機体開発は部位ごとのパーツを集めるのではなく、機体の全身の設計図がドロップするようになり、設計図1枚で機体が完成するようになった。機体の開発にはミッションクリアで入手できるゴールド(ゲーム内通貨)が必要。
* 特殊装備はモビルスーツ研究所で購入、スキルはショップで購入して取得する形式に変更された。品揃えは条件を満たすと増える。また、ショップではトレーニングという名目で経験値も購入できる。