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2003年の研究から、[[境界性パーソナリティ障害]]の患者は対照群の参加者に比べて、感情の表情表現に対して左扁桃体の有意な活動の増加が示されている。また、何人かの境界性パーソナリティ障害の患者は (特定の感情を表現していない) 中立の表情を分類することが困難であるか、恐怖表情をしていると回答した<ref>{{cite journal
| author=Donegan et al.| year=2003| title=Amygdala hyperreactivity in borderline personality disorder: implications for emotional dysregulation.| journal=Biological Psychiatry | volume=54 | issue=11 | pages=1284-1293| doi=10.1016/S0006-3223(03)00636-X}}</ref>。2006年の研究では、患者が恐怖表情や恐ろしい場面に直面した際に扁桃体の過剰な活動が見られることが示された。また、より重症な[[社会恐怖交不安]]の患者ほど、扁桃体の反応が大きいことも示されている<ref>[http://www.sciencedaily.com/releases/2006/01/060118205940.htm Studying Brain Activity Could Aid Diagnosis Of Social Phobia]. Monash University. January 19, 2006.</ref>。同様に、うつ病の患者は全ての顔の表情、特に恐ろしい表情を処理する際に過剰な左扁桃体の活動を示す。興味深いことに、このような過剰な活動は患者が[[抗うつ薬]]を服用すると正常化する<ref>{{cite journal | author=Sheline et al.| year=2001| title=Increased amygdala response to masked emotional faces in depressed subjects resolves with antidepressant treatment: an fMRI study.| journal=Biological Psychiatry | volume=50 | issue=9 | pages=651-658| doi=10.1016/S0006-3223(01)01263-X}}</ref>。これらの結果とは対照的に、[[双極性障害]]に対して扁桃体は異なった関連の仕方を示す。2003年の研究では、成人および青年期の双極性障害の患者では、扁桃体と[[海馬 (脳)|海馬]]の体積が有意に小さくなっている<ref>{{cite journal |author=Blumberg et al. |title=Amygdala and hippocampal volumes in adolescents and adults with bipolar disorder |journal=Arch Gen Psychiatry |volume=60 |issue=12 |pages=1201-8 |year=2003 |pmid=14662552 |doi=10.1001/archpsyc.60.12.1201}}</ref>。また、多くの研究で扁桃体と[[自閉症]]との関係に焦点を当てている<ref>{{cite journal |journal= Int J Dev Neurosci |year=2005 |volume=23 |issue=2-3 |pages=125-41 |title=Developmental deficits in social perception in autism: the role of the amygdala and fusiform face area |author= Schultz RT
|doi=10.1016/j.ijdevneu.2004.12.012 |pmid=15749240}}</ref>。
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