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実際に変更を受けた例もある。例えば[[シロアリ]]は独自のシロアリ目を立てるのが標準的な扱いであった。この群は[[ゴキブリ]]とごく近縁なものと従来から考えられていたが、現在ではゴキブリ目の系統樹内に収まってしまうとの判断に基づき、ゴキブリ目内にシロアリ科として納められた。[[有髭動物]]([[ハオリムシ]]など)は独立の門とされたが、現在では[[多毛類]](ゴカイの仲間)の中の科に収まった。[[ウシ]]や[[イノシシ]]、[[カバ]]などの2つに割れた蹄をもつ動物は[[ウシ目]]として、[[クジラ]]や[[イルカ]]といった魚類体形の水生哺乳類は[[クジラ目]]として分類されていたが、現在はまとめて[[鯨偶蹄目]]とされている。
 
この他に側系統群と考えられている分類、呼称として、[[サル]]([[ヒト]]を除いた[[霊長目]])、[[ガ]]([[アゲハチョウ上科]]、[[セセリチョウ上科]]を除いた[[鱗翅目]])、[[アリハチ]]([[アリ科]]を除いた[[膜翅目]])、[[魚類]]([[四肢動物]]を除く全ての[[脊椎動物]])、[[双子葉植物]]([[単子葉植物]]がこの中から分化したと考えられる)などがある。
 
== 関連事項 ==