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事務総長を長とする事務局は事務総局と称するものが多く、衆議院・参議院のみ衆議院事務局・参議院事務局という。また衆議院・参議院を除く事務総局は[[省]]と同様に内部部局を[[局]]と称しているが、衆議院・参議院の事務局は[[部]]と称しているという違いがある。
 
事務総長を補佐する職を置く場合は、その職名を事務次長とすることが多いが、会計検査院の場合は事務総局次長と称する。
 
会計検査院、人事院、公正取引委員会の事務総長は一般職の[[国家公務員]]で、いわゆる[[指定職]]である。[[人事院規則]]九―四二により、省庁から独立した機関である会計検査院と人事院の事務総長は省庁における[[事務次官]]、[[内閣府]]の[[外局]]である公正取引委員会の事務総長は外局の長官と、それぞれ同等の待遇・給与を受けるとされている。最高裁判所の事務総長も規定上の待遇は事務次官と同等だが、[[裁判所事務官]]ではなく[[判事]]([[裁判官]])から任命される例である。
 
これに対して、衆議院・参議院の事務総長は[[議員]]以外では唯一、[[国会法]]に定められた[[国会]]の役員であって、各議院において国会議員以外のものから[[選挙]]して選出される。その地位と待遇は事務次官よりも高いとされ、衆議院・参議院で事務次官級の職として置かれるのは事務総長の補佐役である事務次長である。衆議院・参議院の事務総長は待遇の面でも高く位置付けられており、[[副大臣]]より高く、[[国務大臣]]よりも低い額の給与を受けている。
 
辞令上の正式呼称については、上記の6機関のいずれも「○○院事務総局事務総長」でなく「○○院事務総長」のような表記が用いられる。事務総長を補佐する職を置く場合、その職名を事務次長とすることが多く、呼称も事務総長と同様「事務総局」等を含まず「○○院事務次長」のように表記するが、会計検査院の場合は事務次長でなく「次長」が役職名となっているため、「会計検査院事務総局次長」と称する。
 
== 国際機関の事務総長 ==
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