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しかしその頃、宇宙には新たな戦乱が起きようとしていた。政争に敗れて宇宙を放浪していたガミラスのバンデベル艦隊が、彼らが蛮族と呼んで蔑む敵国「[[白色彗星帝国#宇宙戦艦ヤマト2199|ガトランティス]]」の艦隊と遭遇し、その旗艦に搭載された謎の超兵器によって、一方的に殲滅されてしまったのだ。
同じ頃、宇宙空間を航行中の1隻の艦艇がいた。それは「[[宇宙戦艦ヤマト2199#計画・作戦・戦争|七色星団海戦]]」を辛くも生き延びた元ドメル機動部隊第二空母「ランベア」であり、その艦内にはドメルの幕僚フォムト・バーガーがいた。単独航行を続けていたランベアは、バーガーの同期であるネレディア・リッケ率いる第8警務艦隊に停船させられる。しかし、ヤマトへの復讐を固く誓うバーガーは、ガミラス本国が出したヤマトへの攻撃禁止命令にもネレディアの説得にも耳を貸さなかった。その時、バーガーの耳に謎の歌が聞こえ、艦内に警報が響き始めた。
一方、ヤマトは大マゼラン外縁部でガトランティス艦隊と遭遇する。相手指揮官はグタバ遠征軍大都督「雷鳴のゴラン・ダガーム」を名乗り、ヤマトを明け渡すよう要求してきた。コスモリバースシステムそのものとなったヤマトを渡すわけにはいかず、拒否して逃走するが、ダガームは旗艦「[[メダルーザ#宇宙戦艦ヤマト2199|メガルーダ]]」に搭載された最新兵器「[[火炎直撃砲#宇宙戦艦ヤマト2199|火焔直撃砲]]」による猛攻を仕掛けてくる。ヤマトは辛くもワープでダガーム艦隊を振り切ったが、薄鈍色の異空間に迷い込んでしまい、さらに何らかの意志により艦の制御を奪われて謎の惑星へと誘導された。
情報取集のため、古代進は桐生美影、沢村翔、新見薫、相原義一、アナライザーの5名と1体で上陸班を編成し、惑星へと上陸したが、彼らの耳にもバーガーと同じ謎の歌が響く。そして惑星を謎の超常現象による殻が覆い、上陸班はヤマトと分断されてしまった。探査を続ける古代たちは、惑星上の密林で、そこにあるはずのない艦を見つける。それはかつて地球で沈没した[[戦艦]]「[[大和 (戦艦)|大和]]」だった。大和内部へ進入した古代たちだったが、そこは戦艦内とは思えぬ優美なホテルになっており、さらに入り口が塞がり閉じ込められてしまう。そして奇妙なことに、美影は密林にも大和にも、そしてホテル内部にも見覚えがあった。
ホテルの奥へ進むと、そこにはバーガー、ネレディア、ヴァンス・バーレン、クリム・メルヒの4名のガミラス兵がいた。彼らもこの異空間へ迷い込み、調査中にホテルから脱出できなくなっていたのである。古代たちをザルツ人と誤認したバーガーたちは彼らを受け入れ、ともに脱出する方法を模索するため共同生活に入る。
各々が思いを巡らせつつ過ごし、1週間が経った頃、痺れを切らしたメルヒはどこかへと消えてしまう。そして桐生もまた動かないはずのエレベーターに乗ってホテルの11階まで到達する。古代たちが桐生を追ってホテルの最上階まで行くと、そこには桐生に銃を突きつけたメルヒと、ネレディアがいた。ネレディアは古代たちがヤマトの乗組員であることを暴露する。真実を知ったバーガーは古代と互いに銃を向けあうが、どちらも撃つことはなかった。1週間という時をともに過ごした両者の間には、かすかながらも信頼関係が生まれていた。そしてバーガーはネレディアに銃を向ける。そのネレディアは偽者であり、その正体は滅びたとされる惑星ジレルの巫女レーレライ・レールだった。そしてさっきまでいたホテルが、神秘的な遺跡へと姿を変える。この星は、古代アケーリアス文明の遺跡にしてジレルの聖地でもある宇宙船「シャンブロウ」であり、わずかに生き残ったジレル人たちが身を潜めていた。その遺跡には、アケーリアスの末裔たちが集まり、7日後に手を携えることによって、シャンブロウは長い眠りから目覚めるという言葉が刻まれていた。古代、バーガー、レーレライの3人が互いの手を取り合うと、シャンブロウが目覚め、真の姿を現し始めた。
同じ頃、ヤマトの空間航跡を辿ったダガーム艦隊は異空間へ到達。そこにあるシャンブロウこそ、ガトランティスが真に探し求めていた宝「静謐の星」だった。ダガームは邪魔になったヤマトをあぶり出し始末するため、火焔直撃砲による猛攻を仕掛け始める。古代たちは地球へ帰り着くため、バーガーたちはランベアの老兵や少年兵を無事に故郷へ帰すため、ダガーム艦隊と戦うことを決意。ヤマト・ガミラスの連合艦隊とダガーム艦隊との戦闘が始まる。
戦闘の最中、被弾したメガルーダは単艦で戦線を離脱し、惑星中枢へと向かうが、偶然にもその先には逃走中に座礁したランベアがいた。バーガーはダガーム艦隊を引き受け、ヤマトにランベア救出を任せる。単艦惑星に降下したヤマトは、[[一騎討ち]]の末にメガルーダを撃沈。バーガー艦隊とダガーム艦隊の戦闘も終結しており、バーガーは乗艦が大破しながらも生き残る。
戦いが終わった後、真の姿を現した静謐の星「シャンブロウ」は、ジレルの生き残りを乗せて宇宙の彼方へと旅立つ。ランベアもまた、ヤマトへ別れを告げ去って行く。そしてヤマトは、再び地球への帰路に着いた。
== 主な登場キャラクター ==
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