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グラム陰性菌は真正細菌の系統の大部分を占める。代表的なグラム陽性菌である[[フィルミクテス門]]と[[放線菌|放線菌門]]、一部の種がグラム陽性に染まる[[クロロフレクサス門]]と[[デイノコックス・テルムス門]]を除けば、ほとんど全ての真正細菌がグラム陰性に染まると言っても過言ではない。ただし、ドメイン真正細菌の中で[[フィルミクテス門]]と[[放線菌|放線菌門]]は2番目と3番目に大きな門なので、記載種数はややグラム陽性菌の方が多い。
 
医学関係のグラム陰性の[[球菌]]は[[性行為感染症]]([[淋菌]])、[[髄膜炎]]([[髄膜炎菌]])、呼吸器症状([[カタラリス菌]])を引き起こす3種が含まれる。
 
医学関係のグラム陰性の[[桿菌]]は多数存在する。主に呼吸器系の障害を引き起こす桿菌として[[インフルエンザ菌]]、[[肺炎桿菌]] ([[:en:Klebsiella pneumoniae]])、[[レジオネラ|レジオネラ・ニューモフィラ]] ([[:en:Legionella pneumophila]])、[[緑膿菌]]などがあり、泌尿器系に障害を引き起こす桿菌として大腸菌、[[ミラビリス変形菌]] ([[:en:Proteus mirabilis]])、''Enterobacter cloacae''、[[セラチア菌]] ([[:en:Serratia marcescens]])などがあり、消化器系に障害を引き起こす[[ヘリコバクター・ピロリ]]、[[ゲルトネル菌]] ([[:en:Salmonella enteritidis]])、[[チフス菌]] ([[:en:Salmonella typhi]])などがある。