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合併する際の自治体の新名称は上述の通り法定合併協議会において決められるが、その候補の選定にあたっては公募が行われることが多い。公募は特に合体（新設合併）をする場合に多く行われ、合併対象市町村の住民を対象にする場合、住民と通勤通学者、出身者を対象にする場合、居住地域を限定せず全国を対象とする場合などがある。
合併後の新自治体の名称は、合併に加わる自治体のうちのひとつの名称を採用する場合と、新たな名称を採用する場合とに大別される。一般に、編入（編入合併）においては編入する側の自治体の名称が採用されることが多い。新たな名称を採用する場合、地域性や歴史性旧自治体名の使用を軽視した避け、旧郡名などの[[広域地名]]<ref>旧郡部内での合併実施の場合は郡名を採用することもある（例：[[千葉県]][[匝瑳市]]や[[いすみ市]]など）。</ref>や[[合成地名]]<ref>（例：[[茨城県]][[小美玉市]]（旧・小川町、美野里町、玉里村の頭文字を使用）</ref>や、[[方角地名]]（例：[[香川県]][[東かがわ市]]）が採用されることがあり、[[地名研究家]]などから批判を受けることがある多い。対等合併で既存の自治体の名称を採用する場合、編入合併の印象を与えないよう、[[ときがわ町]]（[[埼玉県]]）や[[たつの市]]（[[兵庫県]]）のように表記が変えられることがもある（[[ひらがな・カタカナ地名]]）。
=== 合併後の名称が問題となった例 ===
合併後の名称の問題が原因で廃案となった例は、[[南セントレア市]]（[[愛知県]]）、[[白神平泉市]]（[[秋田岩手県]]）、[[中央アルプス白神市]]（[[長野秋田県]]）、[[安土はながさ市]]（[[滋賀山形県]]）、[[平泉中央アルプス市]]（[[岩手長野県]]）、[[武南市]]（[[埼玉県]]）、[[桜宮市]]（同）、[[彩野市]]（同）、[[安土市]]（[[滋賀県]]）、[[西和市]]（[[奈良県]]）がある（詳細は各記事参照）。<!-- 個別事例についての詳細は、内容が各記事と重複しており、かつ、市町村合併の総論である本記事に事例の詳細は不要なので削除 -->
新名称に賛否が分かれたが、採用した例は、[[北九州市]]、[[あきる野市]]、[[つくばみらい市]]、[[常総市]]、[[みどり市]]、[[西東京市]]、[[中央市]]、[[甲州市]]、[[南アルプス市]]、[[伊豆の国市]]、[[丹波伊豆の国市]]、[[東かがわ丹波市]]、[[四国中央市]]、[[南九州市]]などがある。
一方、新名称に批判が続出するなどして、名称を再検討した例としては以下の例がある。
*福島県ひばり野市：正式決定後に飯舘村の離脱を受け再検討し、[[南相馬市]]として合併が成立。
*千葉茨城県太平洋常陸野市：関係町村間で合意正式決定後に批判を受けて石岡市が反発、再検討し度協議会が設立され、[[山武石岡市]]として合併、小美玉市が成立。
*岐阜千葉県ひらなみ太平洋市：正式決定関係町村間で合意後に批判を受けて再検討し、[[海津山武市]]として合併が成立。
*滋賀岐阜県西近江ひらなみ市：正式決定後に批判を受けて再検討し、[[高島海津市]]として合併が成立。
*島根滋賀県石見銀山西近江市：最終候補とし正式決定後に批判を受けて提案されたが、旧大田市の反発で空転した後再検討し、[[大田高島市]]として合併が成立。
*鹿児島根県れいめい石見銀山市：正式決定後に批判を受け最終候補として提案されたが、旧大田市の反発で空転した後再検討し、[[いちき串木野大田市]]として合併が成立。
*沖縄佐賀県宮古湯陶里市：関係市町村間で合意した正式決定後に[[岩手県]][[宮古武雄市]]、山内町の反発と住民アンケートの結果離脱を受け再検討し、[[宮古島嬉野市]]として合併が成立。
<!-- 兵庫*長崎県但馬北松浦市：最終候補になった正式決定後、松浦市が反発、田平町の離脱を受けて協議会が解散したの投票ち3市町で[[豊岡松浦市]]に決定が成立。 -->
*鹿児島県れいめい市：正式決定後に批判を受けて再検討し、[[いちき串木野市]]が成立。
*沖縄県宮古市：関係市町村間で合意した後に[[岩手県]][[宮古市]]の反発と住民アンケートの結果を受け再検討し、[[宮古島市]]が成立。
また、合併後に改称した例としては共に昭和の大合併時で青森県大湊田名部市（[[むつ市]]に改称）、徳島県鳴南市（[[鳴門市]]に変更）、千葉県東葛市（[[柏市]]に変更）、福岡県宇島市（[[豊前市]]に変更）がある。
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