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淀川下流域では[[ヨシ|アシ]]などが繁茂している事から、[[絶滅危惧種]]である[[イタセンパラ]]や[[アユモドキ]]などが生息する重要な地域となっていた。だが生活排水による淀川の[[水質汚濁]]によって個体数は激減。これに加え[[1984年]]に[[淀川大堰]]が完成し、湛水によるアシ群生地の水没などによりイタセンパラの個体数は絶滅が危惧されるほど激減した。[[自然保護団体]]の指摘を受けた[[国土交通省]]近畿地方建設局は、淀川大堰上流部に人工の[[ワンド (地形)|ワンド]]を設けてイタセンパラの生息域を確保し、個体数の回復を図る対策を施した。一時期は効果があったものの、現状としては個体数の回復は絶望的との見方もある。アユモドキも鴨川・桂川の南丹市八木町付近では絶滅、亀岡市付近の生息域には京都府が[[京都スタジアム]]の建設を計画する、など危機的状況である。
 
ただ近年・淀川の水質改善により新淀川で天然ウナギが取れブランド化を図ろうとされたり、天然アユが淀川から桂川・鴨川へと遡上するのが確認される。など水質改善の効果の出ている部分も有る。
 
== 淀川水系の主要河川 ==