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こうしたダイエーグループとの協業化をすすめる一方で、1996年（平成8年）3月1日に40店舗の精肉売場をダイエーミートへの委託を止めて直営化し<ref name="nissyoku-1996-2-26-4G">“マルエツ、3月から既存店40店舗で精肉売場を直営化”. [[日本食糧新聞]](日本食糧新聞社). (1996年2月26日)</ref>、2001年（平成13年）12月に独自の高品質型プライベートブランド「フーデックス」「ホーメックス」の販売を開始してダイエーの価格訴求型PB「セービング」と使い分けながら他店との差別化を図った<ref name="nissyoku-2001-12-19-3C">“マルエツ、独自商品強化へ、高品質のPB投入で低価格と差別化鮮明に”. [[日本食糧新聞]](日本食糧新聞社). (2001年12月19日)</ref>。
=== ダイエーの経営再建と丸紅との提携 ===
その後、ダイエーが経営再建に取り組むことになった際には、ダイエー出身の社長であった川一男が2000年（平成12年）3月1日付でダイエーの再建のため同社代表取締役副社長に就任したほか<ref name="nissyoku-2000-3-1-3H">“マルエツ・川社長がダイエー営業統括副社長に”. [[日本食糧新聞]](日本食糧新聞社). (2000年3月1日)</ref>、2003年（平成15年）5月22日には同じくダイエー出身の社長であった吉野平八郎が副会長としての復帰をすると共に<ref name="nissyoku-2003-3-7-1B" />、当社の店舗運営のノウハウなどを活用して再建を図ることになった<ref name="nissyoku-2003-3-7-1B" />。
その一環として、同年5月15日から当社のPB商品であるのフーデックスを関東・甲信越のダイエー店舗でも発売し<ref name="nissyoku-2003-5-28-3C">“ダイエー、マルエツとPB共同開発、「フーデックス」を販売”. [[日本食糧新聞]](日本食糧新聞社). (2003年5月28日)</ref>、GMS「ダイエー高尾店」（東京都八王子市）をSSMに業態転換して同年7月11日に「グルメシティ高尾店」として新装開店した際には品揃えや顧客サービスを含めた運営管理などを当社が全面的に受託して店長も派遣した<ref name="nissyoku-2003-7-25-3D">“ダイエー、マルエツにSM運営を委託 「高尾店」改装で食品3割増目指す”. [[日本食糧新聞]](日本食糧新聞社). (2003年7月25日)</ref>。
また、2001年（平成13年）2月22日にダイエーが再建策の一環として当社株式の5%を丸紅グループに譲渡したことから同社グループの持ち株比率は5.16%となって筆頭株主であった[[福岡ドーム]]を上回り<ref name="nissyoku-2001-2-23-3C">“ダイエー、丸紅に株5%譲渡”. [[日本食糧新聞]](日本食糧新聞社). (2001年2月23日)</ref>、、同年3月15日にダイエーグループが丸紅フーズインベストメントに発行済み株式10%を売却して同社の持ち株比率が19.7%となり<ref name="nissyoku-2001-3-21-3E">“ダイエー、丸紅子会社にマルエツ株を正式売却”. [[日本食糧新聞]](日本食糧新聞社). (2001年3月21日)</ref>、その他と合わせて丸紅グループがの持ち株比率は20%を超えたことから丸紅の連結対象会社となることになった<ref name="nissyoku-2001-2-2-1A">“丸紅、マルエツを傘下に、食品小売へ進出加速”. [[日本食糧新聞]] (日本食糧新聞社). (2001年2月2日) </ref>。
しかし、ダイエーが2001年（平成13年）2月27日に子会社の朝日ファイナンスサービスから12.03%を取得して本体での持ち株比率を26.61%に引き上げて筆頭株主の地位を保つと共に<ref name="nissyoku-2001-3-7-3G">“ダイエー、マルエツ筆頭株主を維持”. [[日本食糧新聞]](日本食糧新聞社). (2001年3月7日)</ref>、グループ全体では約35%を保有していた<ref name="nissyoku-2001-3-21-3E" />。
そのため、この時点では、ダイエーグループにも留まり、両グループと資本・業務提携する形となった<ref name="nissyoku-2001-3-21-3E" />。
=== 生え抜き社長の復活と独自路線 ===
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