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現存する[[写本]]は70種程あるが、その中で最も古いと考えられるのは[[慶長]]2年(1597年)に[[細川幽斎]]が書写させたもの(細川本)である。また[[倉野憲司]]が所蔵していた写本(倉野本)も、奥付を欠いてはいるがほぼ同時期に書写されたと考えられる。
 
そのほか[[尾張徳川家]]に伝わった写本(徳川家本)や[[賀茂別雷神社|上賀茂神社]]に伝わる万葉緯本など、近世初期から多くの写本がつくられ各地に広まった。[[尾張徳川家]][[徳川義直]]により寄進されたと伝えられる[[日御碕神社]]所蔵の写本([[寛永]]11年(1634年)書写、通称日御碕本)は、[[島根県指定文化財一覧|島根県指定有形文化財]]に指定されている。
 
なお『出雲国風土記』の引用例としては、[[文亀]]2年([[1502年]])の巻物『灰火山社記』が最古になる<ref>[http://www.yomiuri.co.jp/local/shimane/news/20170217-OYTNT50132.html "最古の出雲国風土記引用"]{{リンク切れ|date=2018年1月 |bot=InternetArchiveBot }}(読売新聞、2017年2月18日記事)。<br />[http://mainichi.jp/articles/20170218/ddl/k32/040/462000c "発見 出雲国風土記利用の巻物"](毎日新聞、2017年2月18日記事)。</ref>。