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[[2001年]]の一審では検察の懲役3年の求刑に対し、無罪判決が言い渡された。判決文では、「[[:en:Robert Gallo|ギャロ]]博士や[[リュック・モンタニエ|モンタニエ]]博士ら世界の研究者の公式見解から、事件当時の1985年はHIVの性質やその抗体陽性の意味に不明点が多々存在しており明確な危険性の認識が浸透していたとはいえないこと」、「代替治療法としてのクリオ製剤には治療に様々な支障があったこと」、「安部医師を告発した元医師の供述については、『事件当時の1985年前後に非加熱製剤とHIVの関連を予期する発言や論文が見られない点』や、『非加熱製剤とHIVの関連を予期する供述は、当時の専門家の認識から突出している点』から、検察官に迎合した疑いを払拭し難く、不自然で信用性に欠けること」などがあげられた<ref>朝日新聞 2001年03月28日 夕刊 特設A 「薬害エイズ事件安部被告判決理由<要旨>」</ref>。
 
「毎日新聞」社説は、判決は急所をはずし説得力が乏しい、と断じた。具体例としてミドリ十字と安部の「緊密な関係」を挙げ、「安部元学長が安全なクリオ製剤への転換を拒み、非加熱製剤の投与を続けたのは、加熱製剤の開発が遅れていた同社に配慮したためと言われている」「疑惑に言及していないことには得心がいかない」と主張した<ref>2001年3月29日「毎日新聞」朝刊</ref>。また、安部の公判において帝京大学教授[[木下忠俊]]は「クリオ製剤への転換という治療方針の変更は、安部先生の指示なしにはできず、先生の責任は大きい」と証言している{{Sfn|中村1998|p=125}}。一方弁護側は安部の逮捕・起訴について、処罰感情を煽るマスメディアとそれに迎合した検察側の行き過ぎた行為であったと主張している<ref>[[武藤春光]]、[[弘中惇一郎]]・編著 安部英医師「薬害エイズ」事件の真実 誤った責任追及の構図 ISBN 978-4-87798-386-4([[現代人文社]]、2008年)</ref>
 
無罪判決に対し検察が控訴したが、心臓疾患や[[認知症]]を発症したため公判停止となり、2005年4月25日に88歳で死去した。
 
中村玄二郎は、薬害エイズ事件における安部について以下のように述べている。
弁護側は安部の逮捕・起訴について処罰感情を煽るマスメディアとそれに迎合した検察側の行き過ぎた行為であったと主張している<ref>[[武藤春光]]、[[弘中惇一郎]]・編著 安部英医師「薬害エイズ」事件の真実 誤った責任追及の構図 ISBN 978-4-87798-386-4([[現代人文社]]、2008年)</ref>。
 
{{Quotation|最後まで謝罪を拒み、医師の良心に何ら恥じるところがない、と昂然と胸を張り、非難する者に対して自己を魔女狩りの魔女にたとえる安部英には、医師の良心そのものが欠如していると言はねばならないだろう。そして、たとえ幸運にも法の裁きを免れることが出来たとしても、医の倫理は決して彼を許すことはないだろう。|{{Sfn|中村1998|p=127}}}}
 
フリージャーナリストの[[櫻井よしこ]]が「安部元副学長が製薬会社、[[ミドリ十字]]のために加熱製剤の治験開始を遅らせた」などと記述したことについて、安部が損害賠償などを求めた民事訴訟では、一審は記事内容に真実性があるとして安部の全面敗訴、二審は記事内容を真実ではなく真実相当性がないとして安部の逆転勝訴、最高裁は真実相当性があったとして安部の逆転敗訴となった<ref>朝日新聞 2005年06月16日 夕刊 1社会 「桜井よしこ氏逆転勝訴 最高裁「表現、違法性ない」 薬害エイズ名誉棄損訴訟」</ref>。また、加熱製剤の治験の時期などに関する記事で[[毎日新聞]]と[[サンデー毎日]]に損害賠償を請求した民事訴訟でも、一、二審、最高裁共に安部側が敗訴となった<ref>朝日新聞 2005年06月22日 朝刊 3社会 「毎日新聞社、勝訴が確定 薬害エイズ名誉棄損 最高裁」</ref>。