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[[シイタケ]]、[[エノキタケ]]、[[シメジ]]類、[[マイタケ]]、[[ナメコ]]、[[マッシュルーム|ツクリタケ(マッシュルーム)]]のように、非常によく食べられており、栽培も行なわれている食用キノコがある。最近では、[[エリンギ]]や[[ヤマブシタケ]]の栽培も増えている{{いつ|date=2013年11月}}。また、[[マツタケ]]のように、人工栽培には成功していないが、大量に輸入されていたり、[[トリュフ]]のように高価で珍重されるキノコもある。[[キヌガサタケ]]は高級な[[中華料理|中国料理]]の材料として扱われていたが、すでに[[中華人民共和国|中国]]で栽培されている。菌床栽培された食用キノコを洗いすぎると吸水し水っぽくなったり栄養や旨みが失われるため、洗いすぎず食べることが肝心。
 
食用キノコには[[リボフラビン|ビタミンB<sub>2</sub>]]を含むものが多いが、同一の種でも生育環境(栽培条件)により栄養成分の含有量は大きく異なる<ref>[httphttps://dx.doi.org/10.3136/nskkk1962.40.7 ナメコの化学成分組成に及ぼす栽培時のオゾン暴露の影響] 日本食品工業学会誌 Vol.40 (1993) No.1 P7-16</ref><ref>[httphttps://dx.doi.org/10.3136/nskkk.47.191 シイタケの菌床栽培における培地窒素量と子実体の窒素含有成分との関係] 日本食品科学工学会誌 Vol.47 (2000) No.3 P191-196</ref>、そのため収穫後の子実体への効果を期待し様々な成分の添加が研究されている<ref>[https://doi.org/10.2488/jwrs.55.170 シイタケ培地へ添加したトレハロースの子実体への影響(第1報)添加量と子実体の収量,含有量,鮮度保持,食味との関係] 木材学会誌 Vol.55 (2009) No.3 P170-175</ref><ref>[https://doi.org/10.3136/nskkk.42.682 ヒラタケおよびナメコによるカルシウム塩添加培地からのカルシウムの吸収] 日本食品科学工学会誌 Vol.42 (1995) No.9 P682-686</ref>。また、シイタケには[[呈味性ヌクレオチド]]である[[グアニル酸]]が含まれ、[[出汁|だし]]を取るのに利用されている。キノコの旨み成分の多くは加熱により増えるため、ほとんどのキノコは生で食べても旨みは感じられない。
 
従来から、可食種とされている[[クリタケ]]、[[ナラタケ]]、[[エノキタケ]]、シイタケでは過熱が不十分な場合、中毒症状を起こすおそれがある。また、体質によっては消化不良を起こし、下痢をする場合がある。さらに、コウジタケ、[[アイタケ]]、ホテイシメジでは、[[ビタミンB1]]を破壊する作用が報告<ref>[http://hdl.handle.net/10131/2991 キノコ類のビタミンB_1破壊に関する研究 脇田正二 1976/10/28 横浜国立大学]</ref> されており、調理方法には注意が必要である。食用となるキノコの一覧は後の「[[#種類]]」を参照のこと。