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人間は、自分の性が何であるかを[[意思]]とは無関係に認識している。多くの場合は無意識に確信していて、その認識を他人の強制や自らの[[自由意思]]で変えることはできない。その継続的認識と確信のことを'''性同一性'''という。日本では、原語の意味を汲み取って翻訳した『'''性の自己意識'''』『'''性の自己認知'''』『'''自己の性意識'''』『'''性自認'''』などの意訳がある。
性同一性は、心理学者{{仮リンク|[[ジョン・マネー|en|John Money|preserve=1}}]]によって1950年代に概念化されたものである。多くの人は身体的性別と完全に一致しているが、[[性分化疾患]]の事例などを研究する中で、女児の発育の途中で内性器が精巣、染色体がXYであることが判明し、それを告知しても、本人の女性としての性同一性は変わらなかったり、外性器が曖昧な状態で生まれても、養育の性別で性同一性を確立することが調査で判明したことから（これは、たとえば2004年から2005年にかけてドイツで行われた大規模調査でも、性分化疾患当事者439人のうち、自らを「男でも女でもない」とした人は9人で、残りの430人は通常の男性か女性のジェンダー・アイデンティティを報告していて、性分化疾患を持つ人々の大多数が、典型的な男性／女性としてのジェンダー・アイデンティティを持っていることが再確認されている）、すなわち、身体の性とも染色体型とも別個に「自己の性に関する確信」が存在することが確認され、これは “'''Gender Identity'''”（'''性同一性'''）と呼ばれるようになった。
性同一性と身体的性別とが異なる状態、著しい性別の不一致に対する[[精神医学]]上の診断名として[[性同一性障害]]がある。
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