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カルテはその性格上、[[聴診]]や触診所見、入院後の経過等につき、[[自然言語]]や図面を使って記入されることが多い。これが年齢や処方内容等、容易に構造化できる情報とは違うカルテ保存での技術上の難題となっている。保存される情報の[[粒度]]を上げ、細かい入力欄を設けるほどに入力時間が増加し自由度は減少する。一方で、自然言語による記述は現状では、のちの情報の再利用や検索に支障を来たし、医療情報の構造化という意味では一歩譲る(しかし、構文解析エンジンや[[検索エンジン]]などの進歩により、自然言語による揺らぎがある記述でも、実用上大きな弊害のなくなる可能性はある)。
 
上記のような入力インタフェースの問題については、様々なベンダーより[[音声認識]]や[[文字認識]]という形で提案がなされている。しかし、現実的に大規模病院においても運用上全く問題ないレベルに達しているかは疑問が残り、さらなる動作検証や技術向上が望まれる。
 
電子カルテ=[[診療録]]という扱いであるがために、[[医師法]]第24条1項に、医師は患者を診療したら遅滞なく「経過を記録すること」が義務づけられている。