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収録は隔週日曜日の週1〜2本ペースで、東京・[[世田谷区]][[砧 (世田谷区)|砧]]にある[[東京メディアシティ]]（TMC）スタジオで行われていた。2005年4月18日からの番組大幅リニューアルにより、21回目のセット変更。その後、大きなセット変更はなかったが、2007年4月9日には2年ぶりに22代目のセットに変更。2007年10月8日からは収録スタジオを[[フジテレビ湾岸スタジオ|湾岸スタジオ]]に移行し、23代目のセットが登場したが、最終的に現在のセットは24代目のスタジオ。
動画CHAMPの場合は、司会者の右側に最小は1人で、5人以上は2列で座り、1列の最大は8人まで可能。
1995年4月から1998年4月まで、本番組の補完として『[[TK MUSIC CLAMP]]』が[[深夜]]に放送されていた。司会は[[小室哲哉]]、[[中居正広]]、[[華原朋美]]が交代制で担当した。
[[1997年]]頃から番組に出演したゲスト全員のサインを入れた豪華商品の視聴者プレゼントが登場。プレゼント応募用に松本が毎回独特なキーワードを出すのも特徴であった。
半年に1回程度、[[生放送]]のスペシャルを行われていた。また、総集編や対決もので2時間スペシャルを放送することもあった。
フジテレビ20時枠の番組の中で唯一[[フライングスタート (放送)|フライングスタート]]を実施していなかった<ref>ローカルセールスの配慮のためであり、一部の地域向けに事前番組がありその時期は事実上フライングスタートであった。</ref><ref>2015年3月まで19:00からの2時間番組『[[カスペ!]]』を放送していた火曜日も、[[2001年]][[4月]]から[[2003年]][[8月]]まで1時間[[火曜時代劇 (フジテレビ)|時代劇]]を編成していた時は、19:59開始とフライング体制であり、今までフライング体制の全く無いのは月曜日だった。だが[[2015年]]春の改編で『[[痛快TV スカッとジャパン]]』が19:57開始に変更（3分拡大）されるため、遂に月曜日もフライング体制となり、また火曜日も水曜19:57から『[[世界行ってみたらホントはこんなトコだった!?]]』が火曜19:57に移動したため、全ての20時番組がフライング体制になった。しかし3年半後の[[2018年]]秋改編で月・火・水・土・日20時台番組のフライングスタートは廃止される事になる。</ref>。ただし1996年10月から1997年6月までは、直前の19:56 - 20:00枠に『'''HEY!HEY!HEY!COMING SOON'''』（ - カミングスーン）という予告番組が存在していた。<!--「タイムテーブルからみたフジテレビ50年史」で判明。-->
なお、1996年から番組の放送と同じ月曜日に『[[SMAP×SMAP]]』が編成されることとなったため、新曲を『SMAP×SMAP』内で披露するようになったSMAPは長らく出演がなかったが、2011年12月の生放送で16年ぶりに出演し、その後は2012年4月23日のスペシャル、同年12月17日の最終回そして2013年7月1日の電撃復活SPと2014年のゴリゴリ絡みましたSPで『いいとも!グランドフィナーレ』の裏話で盛り上がった。
2012年春までは平均12%前後の[[視聴率]]を記録していたが、4月16日に6.7%へと急落して以降1桁台を記録することが多くなり、[[6月11日]]には史上最低記録の'''5.8%'''を記録する（[[関東地方|関東地区]]・[[ビデオリサーチ]]社調べ）。そして[[9月18日]]、「番組の時代的役割を果たし終えた」として2012年限りで番組を終了する方向であることが報道された<ref>[http://www.sponichi.co.jp/entertainment/news/2012/09/18/kiji/K20120918004136330.html フジ『HEY!HEY!HEY!』…年内で終了] スポーツニッポン 2012年9月18日閲覧</ref><ref>[http://www.sanspo.com/geino/news/20120918/owa12091805030000-n1.html 「HEY!HEY!HEY!」18年の歴史に幕] SANSPO.com 2012年9月18日</ref>。
2012年11月12日 19:00 - 20:54に、『'''HEY!HEY!HEY! 最終回まであと3回! ダウンタウン×ミュージシャン 二度と見られない初登場トーク解禁50選!!'''』と題して、最終回前の最後のスペシャルを放送。この回では、厳選した50組の各アーティストの番組初出演シーンを過去のVTRで一挙に振り返った。出演アーティストは、小室哲哉、[[TRF]]、[[マーク・パンサー]]、[[鈴木亜美]]といった[[小室ファミリー]]、[[シャ乱Q]]、[[モーニング娘。]]OGといった[[つんくファミリー]]など。番組前半では小室ファミリー、番組後半ではつんくファミリーでトークが展開された。パフォーマンスは、TRFが「[[EZ DO DANCE]]」、シャ乱Qが「[[シングルベッド]]」が披露された。尚、ダウンタウンと小室哲哉の共演は2001年以来となる約11年ぶりだった。
2012年12月17日 19:00 - 20:54に、『'''こんなに笑えた音楽番組はなかったぜ! 最後のHEY!HEY!HEY! MUSIC CHAMP'''』と題して、最終回を約2時間の特別番組で放送。番組の出演頻度が多かったアーティストが多数出演。ダウンタウンとの思い出トークを展開後、代表曲を披露した。出演アーティストは、[[浜崎あゆみ]]、TRF、小室哲哉、[[Every Little Thing]]など。平均視聴率が'''14.3%'''で、瞬間最高視聴率が'''18.3%'''と、有終の美を飾り、約18年2ヶ月の歴史に幕を下ろし、レギュラー放送を終了した<ref>[http://dailynews.yahoo.co.jp/fc/entertainment/ratings/?1355806240 『HEY!HEY!HEY!』最終回の視聴率は14.3％ 最高瞬間は18.3％]</ref>。
後番組はダウンタウンと同じ[[よしもとクリエイティブ・エージェンシー|事務所]]の後輩である[[今田耕司]]と[[ジャニーズ事務所]]所属の[[山下智久]]が司会を務める『[[ジェネレーション天国]]』<ref>[http://www.sanspo.com/geino/news/20121214/joh12121405050000-n1.html 山P&今田新番組、フジ「HEY!×3」後釜] SANSPO.com 2012年12月14日閲覧</ref><ref>[http://www.chunichi.co.jp/chuspo/article/entertainment/news/CK2012121402000165.html 山P初司会&バラエティー 今田耕司とタッグ フジ系新番組] 中日スポーツ 2012年12月14日閲覧</ref> なる[[バラエティ番組]]で、同局によるゴールデンタイム・プライムタイムのレギュラー音楽番組は本番組を以て一時期廃止されていたが、2015年4月から始まる『[[Love music|水曜歌謡祭]]』で復活した。しかし、視聴率の低迷により半年後の同年9月2日に終了した。
終了時点では番組をスペシャル版で継続を視野に入れていなかったが、最終回で視聴率が良かったため、2013年7月1日 19:00 - 21:54に『'''HEY!HEY!HEY! 電撃復活2013 総勢97名のアーティストが集結!ダウンタウンがやらなきゃ誰がやる!SP'''』と題して、約7ヶ月ぶりに特番として放映された。（※テレビ西日本・北海道文化放送は、『[[enjoy! Baseball|福岡ソフトバンクvs北海道日本ハム]]』を東京ドームからそれぞれ別々の制作と内容で生中継<ref>両局ともに、野球中継は19:00-21:00に放送、21:00-21:54は『[[ネプリーグ]]』（フジテレビで2013年6月17日・19:00-19:54に放送した分を、14日遅れで放送。uhb・TNCでは内容差し替えなどの事情で未放送となっている）で穴埋め。</ref>。そのため、同週の土曜・日曜の午後にそれぞれ振り替え放送<ref>テレビ西日本は7月7日（日）12:00 - 14:54に7日遅れで振り替え放送。</ref><ref>北海道文化放送は7月6日（土）12:00 - 14:55に6日遅れで振り替え放送。</ref>）
2014年を番組の20周年イヤーとして1月13日 19:00 - 20:54に、『'''HEY!HEY!HEY! 2014 超豪華アーティストにゴリゴリ絡みましたSP'''』と題して、約2時間の特別番組を放送。[[嵐 (グループ)|嵐]]の歌唱のシーンのみ生放送で放送された<ref>[http://natalie.mu/owarai/news/105239 ダウンタウン司会「HEY!×3」年明け特番に嵐、モー娘。ら] - お笑いナタリー 2013年12月7日</ref><ref>なお、この特番の後座の時間帯（21:00 - 22:09）に嵐のメンバー・[[松本潤]]が主演の連続ドラマ『[[失恋ショコラティエ]]』の初回が放送された。</ref>。
2014年4月7日 19:00 - 20:54に、『'''HEY!HEY!HEY! 2014 超豪華アーティストにゴリゴリ絡みましたSP“春”'''』と題して、約2時間の特別番組を放送。尚、放送日の前週に放送された『[[笑っていいとも!特大号#笑っていいとも! グランドフィナーレ 感謝の超特大号|笑っていいとも! グランドフィナーレ 感謝の超特大号]]』の裏側トークを同番組に共に出演していたダウンタウンとSMAPが展開した。
2014年6月9日 19:00 - 20:54に、『'''HEY!HEY!HEY!特別編 さよなら大島優子ラストステージ生中継SP'''』と題して、約2時間の特別番組を放送。通常の番組構成と異なり、番組前半はAKB48が出演する通常のスタジオパートが放送されて、番組後半はグループの卒業を控えていた[[大島優子]]のラストステージを劇場からの生中継として放送された。また、大島のラストステージのパートではダウンタウンは一切出演しなかった。
2014年12月29日 20:00 - 22:48に、『'''HEY!HEY!HEY! MUSIC CHAMP 20周年大感謝祭'''』と題して、番組の生誕20周年を記念とした約3時間の特別番組を放送。出演アーティストも、小室哲哉、[[槇原敬之]]、SMAP、嵐、TRF、[[AKB48]]など、番組に縁のあるアーティストが多数出演。また、番組後半では「20周年大感謝祭 スーパーヒットメドレー」と題して、番組に縁のある出演アーティストがヒット曲をメドレーで披露するスペシャル企画が行われた。さらに、このメドレーの大トリ（番組終盤）では、番組から誕生したユニット・H Jungle with tが約18年ぶりに復活（一夜限りの再結成）して自身の最大ヒット曲「WOW WAR TONIGHT 〜時には起こせよムーヴメント」を披露した。
2015年4月6日 21:00 - 22:54に、『'''HEY!HEY!HEY! MUSIC CHAMP 2015 春の大ぶっちゃけトークSP'''』と題して、約2時間の特別番組を放送。尚、番組初のレギュラー枠だった月曜20時台を外れて放送された。
番組本編復活特番としてはこれが最後になっており2015年以降は放送されていないが、後述のスピンオフ番組が2015年に企画された。
2015年9月25日にスピンオフ企画番組として『'''[[HEY!HEY!HEY!MUSIC CHAMP#HEY!HEY!NEO!|HEY!HEY!NEO!]]'''』が初の23時台（23:00 - 23:58）に放送された<ref>[http://www.sponichi.co.jp/entertainment/news/2015/09/03/kiji/K20150903011059390.html 「HEY!×3」スピンオフ！若手歌手がダウンタウンと爆笑トーク] - [[スポーツニッポン|スポニチアネックス]] 2015年9月3日 2015年9月6日閲覧。</ref>。番組内容は、従来の人気・ベテランアーティストが出演する『HEY!HEY!HEY!』とは対照的に、『HEY!HEY!NEO!』では、まだ無名だがこれから売れるのに期待がある若手・新人アーティストが出演して、ダウンタウンとのトークやライブが繰り広げられる。松本人志は「別冊カドカワ奥田民生」の中で「中にはウケようと思って意気込むヤツらもいるんですよ。君は歌手やからウケようと思わへんでくれと言いたいですよ」と苦言を足している。
2017年は『HEY!HEY!HEY!』、『HEY!HEY!NEO!』が共に放送されなかったが、2018年には『HEY!HEY!NEO!』が約2年ぶりに放送された。
== 出演者 ==
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