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ブラックウォーターと他の河川では、[[#Table 1|表1]]に示されるようにイオン組成が大きく異なる。ブラックウォーターは酸性が強いため、土壌中の[[アルミニウム]]がイオン化しやすい状態にあり、結果としてその質量濃度が他の河川よりも大幅に高くなっている。他にみられる大きな違いとしては、他の河川と比べて、[[ナトリウム]]、[[カルシウム]]、[[カリウム]]の濃度が非常に低いことがある。このため、それらの金属を殻の形成のために必要とする[[巻貝類]]などは、ブラックウォーターではあまりみられない。溶存イオン量が少ないことで、ブラックウォーターで流れている水の[[電気伝導度]]も[[雨|雨水]]と同じような低い値になっている。
 
ブラックウォーターとそうでない河川は、生息している動植物プランクトンについても違いが有る。[[#table3|表2]]では、位置的に数メートルほどしか離れていないそれぞれの河川で捕獲されたプランクトンの数を比較している。この表で取り上げている[[:w:Japurá River|Japuraジャプラ川]]川は、[[ネグロ川]]ほど極端なブラックウォーターではないのだが、[[ワムシ]]類の豊富さや、[[ミジンコ]]類や[[昆虫]]の[[幼虫]]、[[ダニ]]類の少なさなど、他河川とのブラックウォーター特有の違いがみられる。またブラックウォーターと他河川が合流している地点では、豊富な種類の生物が棲息していることが分かる。このような合流地点は森林の外でも幼魚の餌となる[[甲殻類]]が豊富なため、この地点にやってきて産卵をする魚も多くいる <ref>{{Cite web |title=Comparison between white and black waters |accessdate=2006-05-21 |url=http://www.amazonian-fish.co.uk/indexc30.html |work=Amazonian Fishes and their Habitats |publisher=Pisces Conservation Ltd}}</ref>。
 
{| id="table3" class="wikitable" style="float:right; clear:right; margin:0 0 0.5em 1em;"
|+ 表2: ブラックウォーター([[:w:Japurá River|Japuraジャプラ川]]川)から採取した水と他河川([[:w:Solimões|Solimoes]]川)から採取した水10[[リットル|L]]中における[[プランクトン]]の種類別個体数<ref name="Darwich" />
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