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:深海潜水艇の操艇者。30代。[[潜水士]]と[[海技士]]の資格を持つ。当初は海底開発KKに勤めていたが、後にD-1計画に引き抜かれる(身分的には臨時雇)。戦後生まれで、出世や組織の属する事、国家に対してもに興味がなく、純粋に海が好きで潜水艇を操縦しており、その性格を田所に早々と見抜かれて海洋研究で本格的に力を貸す。
;田所雄介
:[[地球物理学]]者。博士。「エピローグ」の時点で65歳。田夫野人な性格の人物として知られる。元M大客員教授。現在は大学には在籍せず、新興宗教「世界海洋教団」をスポンサーにして個人研究所を運営している。D-1計画の中心人物。小野寺と同様に出世に興味がなく純粋に自然や物理、日本列島を好んで研究する人物。「科学者に必要な物は直感」がモットーだが日本列島が沈没すると当初から予感しながら科学的証明が出来ずに悩んでいた
;幸長助教授信彦
:[[海洋地質学]]者。M大学の助教授で田所の右腕的存在。D-1計画メンバー。銀縁眼鏡を着用。常識人で、小野寺や田所を気遣う。政界にもコネクションを持ち、田所と渡老人を引き合わせてD-1計画を発足させ自らもメンバーとなる。田所を支持する半面自らの立場に対する不安を抱く。田所が暴行事件を起こして逮捕された後は実質的にD-1計画の責任者となる。
;首相
:内閣総理大臣。60代。渡老人の力により首相の座に就いた人物で、異常事態において、決断が迫られる中覚悟を決めてD-2計画を推し進める。姓は緒形<ref group="注">第5章第7節で2か所、野党第3党の党首と経済団体の会長からそれぞれ「緒形」と呼びかけられる場面がある。</ref>だが、作中ではもっぱら「首相」または「総理」と呼ばれている。