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** 価格が高い
** 装置が大型で持ち運び出来ない
** 放射線源として放射性物質を内蔵しているので、運用には[[放射線技師]]が必要<ref>放射性物質を使用しない中性子源も開発されつつある</ref><ref>吉川潔, 増田開,et 代谷誠治al. ほか、「"[https://doiwww.org/10jstage.11499jst.go.jp/article/sicejl1962./45.535/6/45_6_535/_pdf 人道的観点からの対人地雷の探知システム 超小型放電型核融合中性子源開発研究の現状と地雷探査への応用.]" 計測と制御』 2006年 45.6 p.(2006): 535-540 , {{doi|10.11499/sicejl1962.45.535}}</ref>。
** 保管するのに特別な放射線管理施設が必要。
** 検査対象物が軽度の[[被曝]]を起こすこと。特に人体に対して使用する場合は問題がある。