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[[ニューヨーク市地下鉄]]は[[アメリカ合衆国]][[ニューヨーク州]][[ニューヨーク|ニューヨーク市]]の[[行政区 (ニューヨーク市)|5区]]の内、[[ブロンクス区]]・[[ブルックリン区]]・[[マンハッタン|マンハッタン区]]・[[クイーンズ区]]の4区に路線網を展開している[[地下鉄]]である。運営は[[ニューヨークシティ・トランジット・オーソリティ]] (NYCTA)、管理は[[メトロポリタン・トランスポーテーション・オーソリティ]]によって行われている。2016年には、平均566万人の乗客が毎日ニューヨーク市地下鉄に乗車し、アメリカ合衆国内の高速輸送鉄道では1番、[[地下鉄一覧|世界の地下鉄]]の中では7番目に乗車人員が多い鉄道である<ref name="ridership2012">{{NYCS const|riderref|weekday}}</ref><ref>{{cite web|url=http://web.mta.info/nyct/facts/ffsubway.htm|title=(New York City) Subways (Facts and Figures under title of Annual Subway Ridership)|date=|work=MTA.info|accessdate=April 19, 2016}}</ref>。

最初の地下路線となったIRT本線（現在の[[IRTブロードウェイ-7番街線]]と[[IRTレキシントン・アベニュー線]]の一部）は、最初の高架鉄道である[[IRT9番街線]]が開通した約35年後の1904年10月27日に開通した<ref name="HISTORY.com 1904">{{cite web|url=http://www.history.com/this-day-in-history/new-york-city-subway-opens |title=New York City subway opens - Oct 27, 1904|last=|first=|date=2009 |website=HISTORY.com|publisher=A&E Television Networks|accessdate=October 25, 2015}}</ref><ref name="Mid-Continent Railway Museum 2006">{{cite web |title=New York Elevated - Charles Harvey |website=Mid-Continent Railway Museum |date=April 8, 2006 |url=http://www.midcontinent.org/rollingstock/CandS/dsp-passenger/nyelrail3.htm |accessdate=October 25, 2015}}</ref>。IRT本線が開通するまでに、それまで高架鉄道を運行していた各鉄道会社は[[ブルックリン・ラピッド・トランジット]] (BRT、後の[[ブルックリン・マンハッタン・トランジット]] (BMT)) と[[インターボロー・ラピッド・トランジット]] (IRT) の2つの会社に統合された。1913年以降、IRT向けに建設された全ての路線とBRT向けのほとんどの路線は市が建設を行い、企業にリースする形で運行された<ref name="nycsubway.org dualsystem"/>。市が所有・運営を行う[[インディペンデント・サブウェイ・システム]] (IND) の最初の路線である[[IND8番街線]]は1932年に開通した<ref>{{cite news|url=https://select.nytimes.com/gst/abstract.html?res=FA0D13F7395513738DDDA90994D1405B828FF1D3|title=Gay Midnight Crowd Rides First Trains in New Subway|last=|first=|date=September 10, 1932|work=[[ニューヨーク・タイムズ|The New York Times]]|page=1|access-date=October 30, 2016|via=}}</ref>。INDは民間企業との競争を行い、景観や環境に悪影響を与えていた高架鉄道の代替路線を建設し、高架鉄道の廃止を目論んでいた。しかし、州から{{仮リンク|ニューヨーク市運輸委員会|en|New York City Board of Transportation}}に支払われた資本金が少なかったために代替路線の建設が遅々として進まず、高架鉄道はその後もしばらく運行を続けていた<ref name="Hood, Clifton 2004">{{cite book |title=722 Miles: The Building of the Subways and How They Transformed New York |url=https://books.google.com/books/about/722_Miles.html?id=0YfdjUgMAscC |author=Clifton Hood |isbn=978-0801880544 |year=2004 |publisher=Johns Hopkins University Press}}</ref>。このような財政難であったためINDは当時のIRT・BMTの運賃である5セントの2倍の運賃で運行を行っていた<ref>{{cite web|url=http://www.nycsubway.org/articles/historyindependentsubway.html |title=History of the Independent Subway|date=2000 |website=nycsubway.org|publisher=nycsubway.org|author=Mark S. Feinman|accessdate=July 7, 2008}}</ref>。

1940年、IRTとBMTは市に買収され運営は市が行うようになった。多くの高架線はすぐに廃止された。その後徐々にINDとBMTの路線の間に連絡線が建設されるようになり、[[ニューヨーク市地下鉄Bディビジョン|Bディビジョン]]として1つの部門に統合された。IRTはBディビジョンの車両に対し車体寸法が小さかったため[[ニューヨーク市地下鉄Aディビジョン|Aディビジョン]]として別部門となった。

ニューヨーク市が統括する公的機関であるNYCTAは地下鉄・バス・路面電車の運営を市から引き継ぐために1953年に設立された<ref name="nyct facts"/>。NYCTAは1968年にMTAの関連法人となった<ref>{{cite web |url=http://www.transitmuseumeducation.org/trc/background |title=New York Transit Museum - Teacher Resource Center - History of Public Transportation in New York City |publisher=Transitmuseumeducation.org |accessdate=May 14, 2014}}</ref>。地下鉄がMTAの管理下に置かれた直後、ニューヨーク市は財政危機に陥った。このため維持費の掛かる高架線は相次いで廃止<ref>{{Cite news|url=https://www.nytimes.com/1950/10/14/archives/brooklyn-el-link-dies-with-aplomb-celebrants-pack-last-train-to-run.html|title=Brooklyn 'El' Link Dies With Aplomb; Celebrants Pack Last Train to Run on Lexington Spur, Soon to Be Torn Down In Service For 65 Years Riders Were So Scarce That Its 8 Stations Were Closed at Night for Last 10 Years|date=October 14, 1950|work=The New York Times|access-date=April 4, 2018|language=en-US|issn=0362-4331}}</ref><ref>{{cite news|last1=Salisbury|first1=Harrison E.|title=Cars Are Packed For Last 'El' Trip — 3d Ave. Salutes With Raised Glasses as Train Makes Noisy and Slow Journey|url=https://timesmachine.nytimes.com/timesmachine/1955/05/13/80773272.pdf|accessdate=November 8, 2016|newspaper=ニューヨーク・タイムズ|date=May 13, 1955|page=16}}</ref><ref>{{cite news|last1=Katz|first1=Ralph|title=Last Train Rumbles On Third Ave. 'El'|url=https://timesmachine.nytimes.com/timesmachine/1955/05/13/80773167.pdf|accessdate=November 8, 2016|newspaper=ニューヨーク・タイムズ|date=May 13, 1955|page=1}}</ref><ref>[https://www.flickr.com/photos/127872292@N06/21271423084/in/dateposted/]</ref><ref>{{Cite news|url=https://www.nytimes.com/1940/06/01/archives/last-train-is-run-on-fulton-stel-mayor-cashmore-officials-and-civic.html|title=Last Train Is Run On Fulton St 'El'; Mayor, Cashmore, Officials and Civic Leaders Make Trip to Brooklyn Terminus Razing To Start Soon 'Funeral' Services for Line, Built in 1888, Are Held in Kings During Afternoon|last=|first=|date=June 1, 1940|work=The New York Times|access-date=March 12, 2019|language=en-US|issn=0362-4331}}</ref><ref>{{Cite news|url=https://www.nytimes.com/1969/10/04/archives/1200-on-last-trip-on-myrtle-ave-el-cars-are-stripped.html|title=1,200 on Last Trip On Myrtle Ave. El; Cars Are Stripped|date=October 4, 1969|newspaper=The New York Times|issn=0362-4331|access-date=June 5, 2016}}</ref><ref>{{cite news|last1=Montgomery|first1=Paul L.|title=Third Ave. El Reaches the End of Its Long, Noisy, Blighted, Nostalgic Line|url=https://www.nytimes.com/1973/04/29/archives/third-ave-e1-reaches-the-end-of-its-long-noisy-blighted-nostalgic.html|accessdate=November 8, 2016|newspaper=ニューヨーク・タイムズ|date=April 29, 1973|page=24}}</ref><ref>{{cite news |last1=Kelly |first1=John |title=End of Line for Culver Shuttle |url=https://bklyn.newspapers.com/clip/37262635/culver_shuttle_may_9_1975/ |accessdate=October 16, 2019 |work=[[デイリーニューズ (ニューヨーク)|New York Daily News]] |date=May 9, 1975 |page=KL7|via=Brooklyn Public Library; newspapers.com {{open access}}}}</ref><ref>{{Cite book|url=https://books.google.com/books?id=Fg4KAQAAMAAJ&q=Bronx&dq=brighton+line+brooklyn&source=gbs_word_cloud_r&cad=5|title=A History of the New York City Subway System|last=Cunningham|first=Joseph|last2=DeHart|first2=Leonard O.|date=January 1, 1993|publisher=J. Schmidt, R. Giglio, and K. Lang|language=en}}</ref>、新線建設及び既存路線の保守工事は延期された<ref>{{Cite news|url=https://www.nytimes.com/1988/12/09/nyregion/big-changes-for-subways-are-to-begin.html|title=Big Changes For Subways Are to Begin|last=Johnson|first=Kirk|date=December 9, 1988|newspaper=ニューヨーク・タイムズ|issn=0362-4331|access-date=June 6, 2016}}</ref><ref name="nyc subway in the 1970s"/>。治安の悪化で落書きと犯罪が一般的になり、車両や駅、機器類などは老朽化した状態となった<ref name="nyc subway in the 1970s"/>。こうした状態を脱却するため1980年代に地下鉄の改装のための180億ドルの資金調達プログラムが開始された<ref name="nyc subway in the 1970s"/>。

2001年9月11日、[[アメリカ同時多発テロ]]が発生すると標的となった[[ワールドトレードセンター (ニューヨーク)|ワールド・トレード・センター]]付近の地下を走る各地下鉄路線、特に直下を走っていた[[IRTブロードウェイ-7番街線]]は、直下にあった[[コートランド・ストリート駅 (IRTブロードウェイ-7番街線)|コートランド・ストリート駅]]及びその前後区間のトンネルが崩落・浸水するなどの深刻なダメージを受けたため、[[チェンバーズ・ストリート駅 (IRTブロードウェイ-7番街線)|チェンバーズ・ストリート駅]]以南が不通となった。またその他10駅が一時的に閉鎖された。2002年3月までにこれらの駅の内7駅は営業を再開し、7番街線コートランド・ストリート駅を除く残りの駅は、2002年9月15日の7番街線チェンバーズ・ストリート駅以南運転再開に併せて営業を再開した<ref name="tunnelvision" /><ref name="brianabbott.net">[http://brianabbott.net/observations/2004/09/11/september-11-three-years-later Brian Abbott. September 11: Three Years Later.] Several maps showing changes in lower Manhattan from July 2001 to September 2002.</ref>。