「シン・エヴァンゲリオン劇場版」の版間の差分

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ヴンダーと交戦していた2番艦と3番艦が戦線離脱し、セカンドインパクトを模倣した光の羽根を展開、黒き月をもとに2本の槍を生成する。これを好機と反撃しようとしたヴンダーは、4番艦「ゲベート」の不意打ちで大破させられ、Mark.09-Aによって再び制御システムを乗っ取られてしまう。改8号機はMark.09-Aを捕食吸収してEVAオップファータイプ(アダムスの器)の能力を手に入れる。
 
無力化されたヴンダーの甲板に突如ゲンドウが現れ、ヴンダーの主機であった初号機を奪い、第13号機に乗り込んでさらに深層のマイナス宇宙へと向かっていった。シンジはEVAに乗ってゲンドウを追うことを望む。ミサトはそれを認め、彼にシンジは自ら首輪(DSSチョーカー)を付けるが、家族の敵として彼を憎むミドリが銃を手に阻み、また彼を助けたいサクラもまた銃で彼に怪我を負わせてEVA搭乗を止めようとする。しかしミサトがシンジを庇って撃たれ、全ての責任を自分が負うからシンジに託したいとヴンダーのクルーに言う。シンジはミサトと最後の会話を交わし、彼はマリの改8号機に乗ってゲンドウを追う。
 
=== マイナス宇宙(Dパート) ===
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ヴンダーは主機も補機も失われていたが、予備電力とヴンダーの脊髄を使って新たな槍を生成する作業が進められていた。準備が完了すると、ミサトは自分以外の乗員を全て脱出させたうえで、ヴンダーをエヴァンゲリオン・イマジナリーへと突撃させる。無事に新たな槍「ガイウスの槍」が誕生しシンジの元へと届けられたが、ミサトは命を落とす。ミサトから槍を受け取ったシンジを見て、ゲンドウは自らの計画の頓挫を悟るが、シンジのなかにユイの姿を見いだし、シンジに謝る。
 
ゲンドウを残して進むシンジの前に、カヲルが現れて役割を引き継ぐ。シンジはアスカの魂に呼びかける。アスカの過去や内面が吐露される、泣いている幼いアスカの横に大人のケンスケが寄り添う。砂浜で横になるアスカにシンジとマリが別れを告げ、アスカが乗った第13号機のエントリープラグを射出する。次に、カヲルはシンジとの対話、そして加持との対話によって救われ、自分自身が幸せになりたかったことに気づき、加持と喋りながら去っていく。シンジは最後にレイに語りかける。EVAのない世界に作り変えることを伝えてレイを見送る。
 
全員を見送ったシンジは、EVAのない世界を作るため、自らと初号機を槍で貫こうとするが、その直前ユイが現れ、シンジが刺されるのを止める。シンジを元の世界へと返し、ユイとゲンドウを中に残した初号機と第13号機は自らに槍を刺し、消滅する。初号機と第13号機だけでなく、零号機、2号機、3号機、Mark.04A、Mark.04B、Mark.04C、Mark.44A、Mark.44B、Mark.4444C、仮設5号機、Mark.06、Mark.07も槍に貫かれて消えていった。