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*** [[メタノケッラ目]]/Methanocellales
**** [[メタノケッラ科]]/Methanocellaceae
***ANME I-III - 嫌気性メタン酸化古細菌
** メタノピュルス綱/Methanopyri - メタン生成菌。超好熱性。
*** メタノピュルス目/Methanopyrales
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*** [[メタノマッシリイコックス目]]/Methanomassiliicoccales
****[[メタノマッシリイコックス・ルミニュエンシス|メタノマッシリイコックス科]]/Methanomassiliicoccaceae - メタン生成菌。水田、脊椎動物など。
***Marine Group II - 海洋性。[[有光層]]に多く、プロテオロドプシンを持つものもいる<ref>{{cite journal|author=Frigaard, N. U., ''et al.''|year=2006|title=Proteorhodopsin lateral gene transfer between marine planktonic Bacteria and Archaea|journal=Nature|volume=439|issue=7078|page=847-50|doi=10.1038/nature04435|pmid=16482157}}</ref>。
** [[メタノナトロナルカエウム・テルモピルム|メタノナトロナルカエウム綱]]/Methanonatronarchaeia
*** メタノナトロナルカエウム目/Methanonatronarchaeales
**** [[メタノナトロナルカエウム・テルモピルム|メタノナトロナルカエウム科]]/Methanonatronarchaeaceae
この他に
== 特徴 ==
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* [[メタノバクテリウム綱]]/Methanobacteria - [[動物]]の[[消化器官]]、[[熱水泉]]、[[下水]]、[[湖沼]]、その他広い[[淡水]]系に分布する[[メタン菌]]。人体からも[[メタノブレウィバクテル属|''Methanobrevibacter'']]が比較的よく検出される。細胞壁にシュードムレインという構造を持つ。
* [[メタノコックス綱]]/Methanococci - 海底熱水鉱床や海底沈殿物など主に海洋系に分布する[[メタン菌]]。[[メタノカルドコックス・ヤンナスキイ|''Methanocaldococcus jannaschii'']]は最初にゲノムが解析された古細菌である。主に水素+二酸化炭素系でメタンを生成する。
* "[[メタノミクロビウム綱]]"/"Methanomicrobia" - 主に[[水田]]や[[湖沼]]、[[シロアリ]]、[[反芻動物]]の[[消化器官]]などに分布するクラスII メタン菌。[[酢酸]]を利用する種が多いが代謝形態は多様性に富む。
** [[メタノミクロビウム目]]/Methanomicrobiales - 水素+二酸化炭素系のほかに、ギ酸、アルコール+二酸化炭素系でメタンを生成する。
** [[メタノサルキナ目]]/Methanosarcinales - 酢酸をメタン生成の基質に用いることのできる種が多く、硫化ジメチルを利用できる種もいる。[[バイオガス]]の生産に[[メタノサエタ属|''Methanosaeta'']]、[[メタノサルキナ属|''Methanosarcina'']]が重要。
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