藤本 孝一(ふじもと こういち、1945年 - )は、日本の古文書学者。
東京都に生まれる。法政大学大学院人文学科研究科日本史学専攻博士課程単位取得中退。2010年「中世史料学叢論」で龍谷大学・博士(文学)。文化庁美術学芸課主任文化財調査官。大阪青山大学客員教授、龍谷大学文学部客員教授を務め、冷泉家時雨亭文庫調査主任、真言宗大本山随心院顧問(文化財)[1]。