別所 孫次郎（べっしょ まごじろう、生年不詳 - 元和2年12月12日（1617年1月19日））は、江戸時代初期の武将、旗本。別所重棟の甥で、娘婿となる。義兄に別所吉治ら。
関ヶ原の戦い本戦に東軍として従軍。徳川家康より和泉国内2,500石を賜り、大坂の陣に従軍する。元和2年（1616年）12月12日、客人伊東治明と喧嘩となり、家人がこれを斬り殺した。これにより切腹となり改易となった。またこの時これを仲裁し桑山一直が負傷している。